An efficient and rapid DNA minipreparation procedure suitable for PCR/SSR and RAPD analyses in tropical forest tree species

ABSTRACT

An efficient and rapid DNA minipreparation modified method for frozen samples was developed for five tropical tree species: Copaifera langsdorffii, Hymenaea courbaril, Eugenia uniflora, Tabebuia roseo alba and Cariniana estrellensis. This procedure that dispenses the use of liquid nitrogen, phenol and the addition of proteinase K, is an adaptation of the CTAB-based DNA extraction method. The modifications included the use of PVP to eliminate the polyphenols, only one chloroform-isoamyl alcohol step and the addition of RNase immediately after extraction with chloroform. The yields of the DNA samples ranged from 25.7 to 42.1 µg from 100 mg leaf tissue. The DNA samples extracted by this method were successfully used for PCR (SSR and RAPD) analyses in these five and other twelve tropical tree species.

RESUMO

Este trabalho teve como objetivo otimizar um protocolo econômico, rápido e eficaz de minipreparação de DNA genômico, para as espécies florestais Copaifera langsdorffii (Óleo de Copaíba), Hymenaea courbaril (Jatobá), Eugenia uniflora (Pitanga), Tabebuia roseo alba (Ipê Branco) e Cariniana estrellensis (Jequitibá Branco). Este método é uma adaptação da técnica de extração CTAB de Doyle e Doyle (1990), o qual consiste principalmente na adição de PVP para eliminar polifenoles, somente uma etapa de extração com clorofórmio-álcool isoamílico e a adição da RNase A imediatamente após a extração com clorofórmio. O método também dispensa o uso de nitrogênio líquido, o uso do fenol e a adição de proteinase K. Os DNAs das espécies florestais extraídos apresentaram alto rendimento e boa qualidade, com rendimento de 25.7 a 42.1 µg de DNA a partir de 100 mg de tecido foliar congelado. Com este protocolo, em apenas 1 dia de trabalho, uma pessoa pode completar o isolamento do DNA de aproximadamente 50 amostras de folhas (dependendo da capacidade da centrífuga). O DNA obtido pode ser usado para métodos de análise baseados em PCR (SSR e RAPD).