Pedigree analysis in criollo limonero

RESUMEN

Con el objetivo de continuar el programa de conservación genética de la raza Criollo Limonero, se realizó un estudio para evaluar la variabilidad genética del rebaño, utilizando 2552 registros genealógicos disponibles entre los años 1985 y 2003 en la Estación Local Carrasquero, ubicada en el sector playa Bonita, municipio Mara, al norte del estado Zulia-Venezuela. Se determinó la consanguinidad de cada animal y la consanguinidad global del rebaño (fh), el promedio de relación de parentesco (AR), los parámetros de la probabilidad de orígen del gen, el número de fundadores (NF), el número efectivo de fundadores (fe), el número efectivo de ancestros (fa), número de genomas fundadores (Ng) y el número de fundadores que explican el 50 por ciento (F50) de la variabilidad genética. La fh en el año 2003 fue de 0,35 por ciento y el AR 3,4 por ciento, el NF 386, fe 63,5, fa 38, Ng 27,71; y el valor de F50 fue 18. La fh no tuvo un incremento marcado a pesar que el AR indicó que existe una alta relación entre los individuos de la población, por lo que los apareamientos deben planificarse para evitar el apareamiento de animales emparentados. Los valores de probabilidad de origen de los genes indican que la población ha perdido variabilidad genética por un efecto de cuello de botella y por deriva genética aunque este deterioro no se refleje en un incremento en la consanguinidad. Aun existe una cantidad importante de diversidad que debe preservarse, dada la importancia que representa este germoplasma para la región y el país.

ABSTRACT

In order to continue the genetic program for the conservation of the Criollo Limonero population, a study was carried out to evaluate the genetic variability of this local breed. For this purpose, 2552 genealogical records from the Criollo herd at the Carrasquero Local Station (INIA) located at Playa Bonita, Mara County, North of Zulia State-Venezuela, during the 1985-2003 period were used. Global inbreeding of the herd (fH) and animal inbreeding were determined; in addition, Average of relatedness (AR), probabilities of gene origin, number of founders (NF), effective number of founders (fe), effective ancestors number (fa), genome founders number (Ng ) and number of founders explaining 50% (F50) of the genetic variability. For the year 2003 fH was 0.35%, whereas AR, NF, fe, fa, Ng and F50 were 3.4%, 386, 63.5, 38, 27.71 and 18 respectively. Even though AR showed a high relationship among the individuals in the herd, fH did not have a significant increase. For this reason, mates should be planned carefully in order to avoid related mates. Probabilities of gene origin suggest that genetic variation has decreased in this population due to a bottleneck effect and genetic drift, without increasing inbreeding. An important genetic diversity exists in this population which should be preserved, given the importance of this genetic resource for the region and the country.