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Xylella fastidiosa comparative genomic database is an information resource to explore the annotation, genomic features, and biology of different strains
Varani, Alessandro M; Monteiro-Vitorello, Claudia B; Almeida, Luiz G. P. de; Souza, Rangel C; Cunha, Oberdan L; Lima, Wanessa C; Civerolo, Edwin; Sluys, Marie-Anne Van; Vasconcelos, Ana T. R.
Affiliation
  • Varani, Alessandro M; Universidade de São Paulo. Instituto de Biociências. Departamento de Botânica. Genome and Transposable Elements Laboratory. São Paulo. BR
  • Monteiro-Vitorello, Claudia B; Universidade de São Paulo. Instituto de Biociências. Departamento de Botânica. Genome and Transposable Elements Laboratory. São Paulo. BR
  • Almeida, Luiz G. P. de; Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis. BR
  • Souza, Rangel C; Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis. BR
  • Cunha, Oberdan L; Universidade de São Paulo. Instituto de Biociências. Departamento de Botânica. Genome and Transposable Elements Laboratory. São Paulo. BR
  • Lima, Wanessa C; Universidade de São Paulo. Instituto de Biociências. Departamento de Botânica. Genome and Transposable Elements Laboratory. São Paulo. BR
  • Civerolo, Edwin; San Joaquin Valley Agricultural Sciences Center. United States Department of Agriculture. Agricultural Research Service. Parlier. US
  • Sluys, Marie-Anne Van; Universidade de São Paulo. Instituto de Biociências. Departamento de Botânica. Genome and Transposable Elements Laboratory. São Paulo. BR
  • Vasconcelos, Ana T. R; Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis. BR
Genet. mol. biol ; Genet. mol. biol;35(1): 149-152, 2012. graf, tab
Article in En | LILACS | ID: lil-617006
Responsible library: BR1.1
ABSTRACT
The Xylella fastidiosa comparative genomic database is a scientific resource with the aim to provide a user-friendly interface for accessing high-quality manually curated genomic annotation and comparative sequence analysis, as well as for identifying and mapping prophage-like elements, a marked feature of Xylella genomes. Here we describe a database and tools for exploring the biology of this important plant pathogen. The hallmarks of this database are the high quality genomic annotation, the functional and comparative genomic analysis and the identification and mapping of prophage-like elements. It is available from web site http//www.xylella.lncc.br.
Subject(s)
Key words

Full text: 1 Index: LILACS Main subject: Genome / Interspersed Repetitive Sequences / Genomics / Xylella Language: En Journal: Genet. mol. biol Journal subject: GENETICA Year: 2012 Type: Article

Full text: 1 Index: LILACS Main subject: Genome / Interspersed Repetitive Sequences / Genomics / Xylella Language: En Journal: Genet. mol. biol Journal subject: GENETICA Year: 2012 Type: Article