Teoría de conjuntos aplicada a la caracterización matemática de unión de péptidos al HLA clase II / Set Theory Applied to the Mathematical Characterization of HLA Class II Binding Peptides

RESUMEN

Las bases moleculares para el reconocimiento y la respuesta inmune están en la presentación de péptidos antigénicos. Se utilizaron la teoría de conjuntos y los datos experimentales para realizar una caracterización matemática de la región central de unión del péptido mediante la definición de 8 reglas asociadas a la unión al HLA clase II. Estas reglas se aplicaron a 4 péptidos promiscuos, 25 secuencias peptídicas naturales de la región central, de las cuales 13 presentaron unión, mientras que los demás no, y 19 péptidos sintéticos buscando diferenciar los péptidos. A excepción de uno, todos los péptidos de unión y no unión fueron caracterizados acertadamente. Esta metodología puede ser útil para escoger péptidos clave en el desarrollo de vacunas.

ABSTRACT

Antigen presentation contains the molecular basis for antigenic identification and immune responses. The set theory and experimental data were used in order to develop an union core region mathematic characterization through the definition of 8 laws associated to HLA class II binding. The laws were applied to 4 promiscuous peptides, 25 natural peptides sequences of core region 13 binding peptides and 12 no binding peptides; and 19 synthetic peptides looking to differentiate peptides. Only one peptide was not rightly characterized. This methodology may be used to choose key peptides in the development of vaccine.