High genetic diversity in human immunodeficiency virus: type 1 in Jamaica / Elevada diversidad genética del virus de la inmunodeficiencia humana: tipo 1 en Jamaica

ABSTRACT

The subtypes of the human immunodeficiency virus - type 1 (HIV-1) strains from 54 HIV-1 - infected persons including 44 strains which were typed previously by heteroduplex mobility assay (HMA) were determined by DNA sequencing and phylogenetic analysis. Of 54 HIV- infected persons, 92.5% were infected with HIV-1 subtype B and 7.5% with other HIV-1 subtypes including subtypes D (3.7%), A (1.9%) and J (1.9%). In the phylogenetic analysis, the subtype A virus found in the sample clustered with subtype A reference strains and a circulating recombinant form (CRF) reference strain which originates in Central Africa and is circulating in Cuba indicating a close relationship between these viruses. There was 86% concordance between HMA and DNA sequencing in assigning subtype B viruses. For the non-B subtype viruses, there was less concordance between the two methods (67%). The results confirm the predominance of HIV-1 subtype B strains and the high genetic diversity of HIV-1 strains in circulation in Jamaica. The efficacies and some limitations of the HMA as a method of HIV-1 subtyping also were noted. It is important that the HIV/AIDS epidemic in Jamaica be monitored meticulously for possible expansions in non-B subtypes and the emergence of inter-subtype recombinant forms. We recommend that the more expensive DNA sequencing and phylogenetic analysis, including HIV-1 genotyping for antiretroviral drug resistance testing, be used as an adjunct to the more cost-effective HMA to track the HIV/AIDS epidemic in Jamaica.

RESUMEN

Los subtipos de cepas de virus de la inmunodeficiencia humana-tipo-1 de 54 personas infectadas con el VIH-1, que incluyeron 44 cepas previamente clasificadas según su tipo mediante ensayo de movilidad de heterodúplex (HMA), fueron determinados mediante secuenciación de ADN y análisis filogenético. De 54 personas infectados con VIH, 92.5% estaban infectadas con VIH-1 subtipo B y 7.5% con otros subtipos de VIH-1 incluidos los subtipos D (3.7%), A (1.9%), J (1.9%). En el análisis filogenético, el virus de subtipo A hallado en la muestra, se agrupa con las cepas de referencias del subtipo A y una cepa de referencia de forma recombinante circulante (CRF), que tienesu origen en África Central y está circulando en Cuba, lo que indica una estrecha relación entre estos virus. Hubo un 86% de concordancia entre el HMA y la secuenciación del DNA en la asignación de virus de subtipo B. Para los virus de subtipo no B, hubo menos concordancia entre los dos métodos (67%). Los resultados confirman el predominio de las cepas del subtipo B del VIH-1, y la alta diversidad genética de las cepas del VIH-1 en circulación en Jamaica. También se señalaron las eficacias y algunas limitaciones del HMA como método de clasificación del VIH-1 en subtipos. Es importante monitorear meticulosamente la epidemia de VIH/SIDA en Jamaica, a fin de detectar posibles expansiones de subtipos no B y la aparición de formas recombinantes inter-subtipos. Recomendamos que por ser ambos métodos más costosos, tanto la secuenciación de ADN como el análisis filogenético - incluyendo el genotipado del VIH-1 para probar la resistencia antiretroviral del medicamento - sean usados como complementos del HMA, el cual es más costo-efectivo, para seguir de cerca el rastro de la epidemia VIH/SIDA en Jamaica.