Predição do tropismo viral do HIV-1 utilizando plasma e célula em amostras de sangue de pessoas vivendo com HIV/AIDS / Prediction of HIV-1 viral tropism using plasma and cell from blood sample from people living with HV/AIDS

RESUMO

O HIV-1 geralmente utiliza o receptor CD4 em conjunto com um correceptor principal, CCR5 ou CXCR4, na etapa fundamental de entrada na célula hospedeira, determinando assim o tropismo viral por células que expressam estas moléculas. Diferenças no tropismo de HIV-1 têm contribuído para a compreensão da patogênese do HIV e são necessárias para suportar a decisão médica em relação ao uso de antagonistas do CCR5. O teste fenotípico de tropismo determina diretamente esta característica biológica, porém os custos e a complexidade restringem a sua utilização, sendo assim, a predição genotípica tem sido proposta como uma alternativa. O objetivo desse estudo foi padronizar e avaliar um teste de predição genotípica do tropismo. Foi adaptado para o nosso laboratório o protocolo desenvolvido pelo Centro de Excelência em HIV/Aids da Columbia Britânica (CECB)usando sequência em replicatas, avaliamos os parâmetros que possam influenciar na predição do tropismo e comparamos a predição na célula e no plasma. Produtos de PCR e plasma enviados pelo CECB foram sequenciados e analisados de forma independente no CECB e no IAL, com alta concordância. Sequências da V3 do envelope viral de 81 pacientes com consentimento informado mostraram uma correlação entre o número de ambiguidades e o menor valor de FPR, uma tendência a ter uma maior distância genética inter-sequência entre os isolados preditos como X4 e sem correlação entre o número de repetições de sequências e o menor FPR. Estudamos também diferenças na origem do material genético viral (RNA viral ou DNA pró-viral) e sua influência sobre a predição de tropismo. Em 56 amostras pareadas observou-se uma tendência na ocorrência de mais X4 em DNA pró-viral de células. Nós observamos maior distância genética entre as sequências de célula em comparação com as de plasma, e documentamos as discrepâncias na determinação do tropismo viral utilizando diferentes cut offs de uso clínico. Nosso trabalho permitiu o desenvolvimento...