Generation of pharmacophores and classification of drugs using protein-ligand complexes / Generación de farmacóforos y clasificación de drogas utilizando complejos proteína-ligando / Geração de farmacóforos e classificação de fármacos usando-se complexo proteína-ligando

ABSTRACT

Pharmacophore identification is a very important step in de novo design, lead optimization, chemogenomics, and virtual screening of drugs. Unfortunately, the high cost of comercial software for pharmacophore detection is a common limiting factor for researchers with limited funding. This paper presents a set of freely available perl routines that were designed to help in the process of 3D pharmacophore identification and QSAR studies. These routines also allowed the classification of ligands based on their tridimensional similarity and binding mechanism. The family of phosphodiesterases and their inhibitors were used as test model.

RESUMEN

La identificación de farmacóforos es uno de los pasos más importantes en el diseño de novo, identificación de compuestos líder, quimiogenómica y tamizaje virtual de nuevos medicamentos. Sin embargo, el alto costo de los paquetes comerciales de software para la detección de farmacóforos es un factor limitante para investigadores con recursos limitados. En este artículo se presentan un conjuto de rutinas en Perl que se diseñaron para la identificación de farmacóforos en 3 dimensiones y estudios de QSAR. Estas rutinas también permitieron una clasificación de ligandos basada en su similitud tridimensional y mecanismo de unión. La utilidad de estos programas se probó con los inhibidores de las fosfodiesterasas.

RESUMO

A identificação de farmacóforos, é um dos passos mais importantes no desenho de novo, identificação de compostos líder, quimiogenômica e triagem virtual de novos medicamentos. No entanto, o alto custo dos pacotes comerciais de software para a detecção de farmacóforos é um fator limitante para os pesquisadores com recursos limitados. Neste artigo apresentamos um conjunto de rotinas em Perl que foram desenhadas para a identificação de farmacóforos em 3 dimensões e estudos de QSAR. Estas rotinas permitiram uma classificação de ligandos baseada na similitude tridimensional e nos mecanismos de união. A utilidade dos programas foi testada com os inibidores da família das fosfodiesterases.