Análisis genómico del resistoma de la cepa de Acinetobacter baumannii ABIBUN 107m multi-resistente y persistente en hospitales colombianos / Genomic analysis of the resistome of the strain of Acinetobacter baumannii ABIBUN 107m multi-resistant and persistent in colombian hospitals

RESUMEN

Acinetobacter baumannii es una bacteria, causante de infecciones asociadas a la atención en salud como neumonía, septicemia, meningitis e infecciones urinarias entre otras. Se caracteriza por su capacidad para desarrollar y acumular rápidamente una gran variedad de mecanismos de resistencia a antibióticos. En esta investigación se realizó el análisis genómico de una cepa de A. baumannii ABIBUN 107m que forma parte de un clon persistente en hospitales colombianos, resistente a los antibióticos carbapenémicos (imipenem y meropenem), antibióticos de elección en el tratamiento infecciones causadas por este microorganismo. El genoma de esta bacteria fue secuenciado utilizando técnicas de alto rendimiento, ensamblado y anotado, obteniéndose un genoma constituido por 3954000 pb con 56 contigs; consta de 4256 genes con un tamaño promedio de 912 pb; 3796 CDS de los cuales por anotación 2884 se asignaron a COG; 57 tRNA y un porcentaje de GC de 38,74%. A. baumannii ABIBUN 107m es resistente a β-lactámicos, aminoglicósidos, quinolonas, tetraciclina, sulfonamida y colistina. En su genoma se localizaron genes asociados con el perfil de resistencia ya que presenta serin β-lactamasas (blaADC-38, blaOXA-64, blaOXA-23, bla ampC-like, bla amp(H)-like), metalo β-lactamasa_B; proteínas de unión a penicilina de elevada masa molecular, secuencias de inserción tipo ISAba1; mutaciones en los genes de DNA girasa y topoisomerasa IV subunidad A (gyrA y parC); enzimas modificadoras de aminoglicósidos (aphA-like, aad -like); cloranfenicol aciltransferasa (cat) y dehidropteroato sintasa (sul-1). Se identificaron genes pertenecientes a cinco familias de sistemas de eflujo (RND, MATE, MSF, ATP, SMR).

ABSTRACT

Acinetobacter baumannii is a bacterium causing health care associated infections such as pneumonia, septicemia, meningitis and urinary infections amongst others. It has great capacity to quickly develop and gather a big variety of drug resistance mechanisms. In this research, the genome of strain A. baumannii ABIBUN 107m was analyzed wich forms part of a persistent clon in Colombian hospitals and it’s also resistant to carbapenems (imipenem and meropenem), which are the election antibiotics for treatment of infections caused by this microorganism. The genome was sequenced using high performance technology, assembled and annotated. As a result, we obtained a 3954000 bp genome, with 56 contigs; 4256 genes with average size of 912 bp; 3796 CDS; 2884 were assigned to COG; 57 tRNA and GC percentage of 38,74%. The A. baumannii strain ABIBUN 107m, is resistant to the following antibiotic groups β-lactams, aminoglycosides, quinolones, tetracycline, sulfonamide and colistin. Genes associated with this resistance profile were found in A. baumannii ABIBUN 107m genome serino β-lactamases (blaADC-38, blaOXA-64, blaOXA-23, bla ampC-like, bla amp(H)-like), metallo β-lactamase_B; High Molecular Mass penicillin binding proteins, ISAba1 type insertion sequences, mutations of DNA gyrase and topoisomerase IV subunit A (gyrA and parC); aminoglycoside modifying enzymes (aphA-like, aadA-like); choramphenicol acyltransferase (cat) and dehydropteroate synthase (sul-1). Genes belonging to five different efflux systems were identified (RND, MATE, MSF, ATP, SMR).