Mutações nos genes não estruturais do vírus da hepatite C associadas à resistência aos novos antivirais / Mutations in the nonstructural genes of the hepatitis C virus associated with resistance to new antiviral drugs

RESUMO

Introdução e objetivos: Polimorfismos naturais de resistência aos agentes antivirais de atuação direta (DAAs) no vírus da hepatite C (HCV) podem representar um fator limitante para a eficácia dessa terapia. A análise de sequências virais de regiões geográficas distintas pode apresentar diferenças significativas nas frequências de mutações de resistência aos DAAs. Neste contexto, o objetivo deste estudo foi investigar as mutações associadas à resistência aos DAAs nos genes nãoestruturais (NS) do HCV em isolados virais que circulam no Brasil. Métodos: Foram estudados um total de 390 sequências do genótipo 1 do HCV de pacientes brasileiros virgens de tratamento cronicamente infectados. O RNA viral foi extraído, e as regiões abrangendo os genes NS3, NS4 e NS5 foram amplificadas por RT-PCR e sequenciadas. Resultados: No domínio NS3/4A protease, a variação V36L foi encontrada em 5,60 porcento dos isolados do subtipo 1b, e a substituição T54S em 4,16 porcento das sequências do subtipo 1a; na posição 55, 4,16 porcento dos isolados continham a variação V55A, responsável por causar constrição no sítio de ligação do inibidor de protease boceprevir. Em relação à proteína NS4B, um isolado do subtipo 1b apresentou a substituição F98L, responsável por conferir resistência aos inibidores AP80978, PTC725 e silibina. Na proteína NS5A, 3,84 porcento das sequências do subtipo 1a mostraram as mutações de resistência M28T ou Y93H, e 13,46 porcento, as mutações secundárias H58P e E62D. Dentre os isolados do subtipo 1b, 3,70 porcento continham a mutação Y93H, e 14,8 porcento, as mutações secundárias R30Q, L31M, P58S e I280VEm NS5B, 25 porcento das sequências do subtipo 1b brasileiras apresentaram a variação L159F na população viral dominante, mas nenhuma sequência do subtipo 1a exibiu tal substituição...

ABSTRACT

Background and aims: Natural resistance polymorphisms to direct antiviral agents (DAAs)in hepatitis C virus (HCV) may represent a limiting factor for therapy efficacy. Analysis of viralsequences from distinct geographical regions may show significant differences in the frequencies ofresistance mutations to DAAs. In this context, the aim of this study was to investigate mutationsassociated with resistance to DAAs of HCV non-structural genes (NS) in viral isolates circulating inBrazil. Methods: A total of 390 HCV genotype 1 sequences from therapy-naive Brazilian patientschronically infected. Viral RNA was extracted, and the region encompassing the non-structuralgenes NS3, NS4, and NS5 was RT-PCR amplified and sequenced. Results: In the NS3/4A proteasedomain, a V36L variation was found in 5,60 percent of subtype 1b isolates and a T54S substitution in4,16 percent of subtype 1a sequences; at position 55, 4,16 percent of strains contained the V55A variationwhich is responsible to cause constriction in the binding site of the protease inhibitor boceprevir.Concerning the NS4B protein, one subtype 1b isolate showed the F98L substitution, responsible forconferring resistance to inhibitors AP80978, PTC725 and Silybin. In the NS5A protein, 3,84 percent ofsubtype 1a sequences showed the resistance mutations M28T and Y93H, while 13,46 percent , thesecondary mutations H58P and E62D. Among subtype 1b isolates, 3,70 percent of patients showed theY93H mutation, while 14,8 percent the secondary mutations R30Q, L31M, P58S and I280V. For NS5B,25 percent of Brazilian subtype 1b sequences presented the L159F variation in the dominant viralpopulation, but none of subtype 1a sequence showed such substitution. Moreover, 15 subtype 1bisolates (29 percent ), were observed the C316N variant, responsible to confer resistance to non-nucleosideinhibitors, while only 2,12 percent of subtype 1a isolates showed the C316Y substitution...