Screening of prognosis-related enhancer RNAs and their corresponding target genes in patients with hepatocellular carcinoma and its prognostic significance / 中国肿瘤生物治疗杂志

ABSTRACT

@#[摘 要] 目的： 筛选与肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）预后相关的增强子RNA（enhancer RNA，eRNA）及其对应的靶基因，并探究其调控作用及功能。方法：通过UCSC数据库下载HCC的转录本数据和临床病例数据，提取eRNA及其预测的相应靶基因表达矩阵，用Kaplan-Meier和Spearman相关性分析方法筛选HCC预后相关的eRNA和靶基因，并采用最小化绝对收缩和选择算子回归分析及多因素Cox多元回归分析构建HCC预后风险评分模型。设计合成针对筛选所获关键eRNA AP003469.2的小干扰RNA并转染肝癌SMMC-7721细胞，采用RT-PCR方法验证敲减效率，qPCR法检测AP003469.2靶基因YWHAZ的表达水平，CCK-8法检测转染后SMMC-7721细胞的增殖情况。结果：筛选获得4个与预后相关基因，包括两个eRNA（AP003469.2和SPRY4-AS1）和两个靶基因（PPARGC1A和SLC2A1）（P<0.05），其中PPARGC1A高表达提示预后较好，AP003469.2、SPRY4-AS1和SLC2A1基因高表达则提示预后较差。基于4个基因构建的预后风险评分模型，第1、3和5年的AUC分别为0.730、0.699和0.679，提示模型具备良好的预测效能。在敲减AP003469.2后，SMMC-7721细胞中YWHAZ的表达无明显改变，且对细胞的增殖无影响。结论：基于生物信息学分析共筛选出4个关键基因，其中eRNA AP003469.2是HCC预后预测效能较高的标志物，其无促癌功能且对YWHAZ基因无调控作用。