Avaliação de novos fatores prognósticos em carcinomas vulvares através da integração de dados genômicos e transcriptômicos / Assessment of new prognostic factors in vulvar carcinomas by integrating genomic and transcriptomic data

RESUMO

O carcinoma vulvar é uma neoplasia rara, contudo possui elevada mortalidade (~40%) e pouco se conhece a respeito de sua assinatura molecular. Portanto, o presente trabalho teve como objetivo identificar genes moduladores dessa neoplasia baseando-se em integração de dados genômicos e transcriptômicos. Para alcançar esse objetivo 17 amostras de carcinomas vulvares que continham DNA e RNA suficientes foram selecionadas para a realização das técnicas de CGH-array e Expressão em larga escala. Os genes obtidos a partir da integração de dados realizada pelo algoritmo CONEXIC foram submetidos a uma avaliação funcional in silico nos softwares IPA e KOBAS e dois genes foram selecionados para a validação por meio de qRT-PCR, absoluta e relativa. A expressão proteica desses genes foi avaliada por IHQ em 150 casos. A avaliação integrada dos dados revelou 47 candidatos a moduladores, dos quais 46 foram classificados com concomitante ganho de cópias e aumento da expressão gênica e somente um com perda de cópia associada à diminuição de expressão. A partir das análises os genes PLXDC2 e GNB3 foram selecionados, sendo o primeiro o único com perda de cópia e diminuição da expressão. A partir da avaliação das variações de intensidade de coloração IHQ entre os tumores foi possível observar que a alta expressão de GNB3 concomitante a menor expressão de PLXDC2 está associada a menor risco de desenvolver metástases linfonodais (p=0,016) e tempos maiores de sobrevida livre de doença (p=0,005). Sendo assim, é possível sugerir que a avaliação proteica desses genes poderia ser usada para avaliação prognóstica.

ABSTRACT

Vulvar squamous cell carcinoma (VSCC) is a rare disease that has a high mortality rate (~40%). However, little is known about its molecular signature. Therefore, our aims were to identify driver genes in VSCC, based on comparative genome hybridization (aCGH) and genome-wide expression (GWE) array. To achieve that, DNA and RNA were extracted from 17 frozen VSCC samples and examined by aCGH and GWE array, respectively. Based on the integration of data using the CONEXIC algorithm, PLXDC2 and GNB3 were validated by qRT-PCR. The expression of these genes was then analyzed by immunohistochemistry (150 FFPE samples). In our integrative analysis, we identified 47 putative drivers­46 of which were characterized by copy number gains that were concomitant with overexpression and 1 with a copy number loss and downregulation. Two of these genes were selected for further validation PLXDC2 and GNB3. GNB3 was overexpressed and PLXDC2 was downregulated compared with normal samples. By IHC, both proteins were ubiquitously expressed throughout vulvar tissue. High expression of GNB3 and low PLXDC2 immunostaining in the same sample was linked to less lymph node metastasis (p=0.016) and greater disease-free survival (p=0.005). Based on a robust methodology never used before for VSCC evaluation, this study proposes 2 novel prognostic markers in vulvar cancer. GNB3 is associated with a good prognosis, and PLXDC2 correlates with worse outcomes.