Optimización y validación de un método de PCR en tiempo real para el diagnóstico de Pneumocystis jirovecii en muestras respiratorias de pacientes pediátricos / Optimization and validation of a real-time PCR method for the diagnosis of Pneumocystis jirovecii in respiratory samples of pediatric patients

RESUMEN

Pneumocystis jirovecii (PCP) es un hongo oportunista, que causa neumonía en pacientes con un sistema inmunitario seriamente comprometido. La prevalencia de la enfermedad disminuyó dramáticamente con la introducción de la terapia antirretroviral combinada (HAART) y actualmente las infecciones ocurren en aquellos pacientes que no reciben adecuada profilaxis o no la completan. Es una enfermedad grave con elevada tasa de mortalidad (30-60%) en pacientes oncohematológicos y receptores de trasplante de células progenitoras hematopoyéticas (HSCT), pero prevenible con profilaxis adecuada, por lo que el reconocimiento temprano de los pacientes en riesgo es crítico. El diagnóstico de certeza es de laboratorio ya que los hallazgos clínicos son inespecíficos y las imágenes no son patognomónicas de este agente. Actualmente las técnicas moleculares como la PCR en tiempo real son las metodologías recomendadas ya que poseen elevada sensibilidad, especificidad, rapidez y eficiencia. En el presente estudio se optimizó un método de PCR en tiempo real con iniciadores dirigidos al gen del ARNr de la subunidad grande mitocondrial, en formato dúplex junto con el gen constitutivo RNAsa P. El método demostró ser muy sensible y rápido para el diagnóstico clínico de PCP, con una concordancia қ: 0,789 con el método convencional de PCR anidada que emplea como target a la región espaciadora transcrita interna (ITS) del gen del ARNr de PCP, a la vez de ser mucho menos laborioso y con menor riesgo de contaminación, lo que permite el manejo de un alto número de muestras clínicas (AU)

ABSTRACT

Pneumocystis jirovecii (PCP) is an opportunistic fungus causing pneumonia in severely immunocompromised patients. Prevalence of the disease has dramatically decreased after the introduction of combined antiretroviral therapy (HAART) and currently these infections occur in patients who do not receive adequate prophylaxis or do not complete treatment. PCP is a severe disease with a high mortality rate (30-60%) in oncology-hematology patients and hematopoietic stem-cell transplantation (HSCT) recipients, but is preventable with adequate prophylaxis. Therefore, early recognition of at-risk patients is essential. Laboratory studies are the gold standard for the diagnosis as clinical findings are unspecific and imaging studies are not pathognomonic for this agent. Currently, molecular techniques, such as real-time PCR, are the methodology of choice because of their high sensitivity, specificity, speed, and efficiency. In this study, a real-time PCR method was optimized with primers targeting the gene of the mitochondrial large subunit rRNA in a duplex format together with the constitutive gene RNAsa P. The method showed to be very sensitive and fast for the clinical diagnosis of PCP, with a concordance of қ: 0.789 with the conventional nested PCR method targeting the internal transcribed spacer (ITS) region of the rRNA gene of PCP, and is much easier to perform with a lower contamination risk allowing a high through-put of clinical samples (AU)