Molecular identification of clinical isolates of Fusarium in Colombia / Identificación molecular de aislamientos clínicos de Fusarium en Colombia

ABSTRACT

ABSTRACT Objective Identifying Fusarium isolates from mycosis symptomatic patients through molecular techniques as PCR and sequencing. Methods In this study, samples were taken from 101 mycosis symptomatic patients in-between 2004-2006. To determine isolates belonging to the Fusarium genus, the DNAr 28S region was amplified through PCR and specific PCR primers further confirmed their identity to the species level. Additionally, in order to confirm the identity of the species of the isolates, 75 isolates of these were analyzed by partial sequencing of the 28S rDNA and the TEF1-α gene. Results The 28S rDNA portion detected all 101 isolates as belonging to Fusarium and the PCR specific primers detected 52 and 29 isolates as F. oxysporum and F. solani, respectively; 34 and 41 of these, afterwards studied by partial sequencing of the 28S rDNA and TEF1- α genes respectively, were effectively identified by the technique. Conclusion From all the molecular markers used to identify Fusarium isolates, the sequence of the TEF1-α gene provided the best resolution in the identification of species level; however it is possible to discriminate between F. oxysporum and F. solani isolates by PCR, in most of the cases, what is important considering the simplicity of the technique and a faster diagnosis.(AU)

RESUMEN

RESUMEN Objetivo Identificar aislamientos de Fusarium en pacientes con micosis por medio de las técnicas moleculares de PCR y secuenciación. Métodos Se tomaron 101 muestras de pacientes con micosis sintomática, entre los años 2004 y 2006. Para la detección de aislamientos como pertenecientes al género Fusarium, se amplificó parcialmente por PCR la región 28S del DNAr; y posteriormente -para la detección de la especie de Fusarium- se utilizaron cebadores específicos para F. oxysporum y F. solani. La verificación de la identidad de la especie de los aislamientos se hizo por secuenciación parcial de los genes 28S DNAr y TEF1-α Resultados El total de 101 aislamientos fueron detectados como pertenecientes al género Fusarium utilizando un cebador universal de la region 28S DNAr; 52 y 29 aislamientos se detectaron como F. oxysporum o F. salani, respectivamente con los cebadores específicos, y la secuenciación parcial de los genes 28S rDNA o TEF1-α confirmó la identidad de las especies. Conclusión La secuenciación parcial del gen TEF1-α es aún el mejor marcador molecular para identificar aislamientos de Fusarium a nivel de especie. Sin embargo, en la mayoría de los casos es posible discriminar entre aislamientos de F. oxysporum y F. solani por PCR con cebadores específicos, lo que proporciona una ventaja importante considerando la simplicidad de la técnica y el rápido diagnóstico.(AU)