Survey of transposable elements in sugarcane tags (ESTs)
Genet. mol. biol
;
24(1/4): 147-154, 2001. ilus, tab, graf
Artículo
en Inglés
| LILACS
| ID: lil-313884
RESUMO
O projeto de ESTs (Expressed sequence tag) da cana-de-açúcar (SUCEST) produziu um grande número de seqüências de cDNA de diferentes tecidos submetidos ou näo a diferentes condições de estresse. Neste trabalho nós analisamos os resultados de uma busca, por Elementos de Transposiçäo (TEs), que apresentou um grande número de seqüências homólogas a TEs. Das 260.781 seqüências agrupadas em 81.223 clusters pelo programa Phrap (fragment assembly program), um total de 276 seqüências apresentaram homologia com TEs previamente descritos utilizando-se uma nota de corte estringente de 50 ou melhor. Clones homólogos aos grupos de retrotransposons com LTR (long terminal repeat) cópia/Tyl e Gypsy/ty3 foram achados porém nenhum retroelemento sem LTR foi identificado. A maioria das famílias de transposons estäo representadas em cana-de-açúcar incluindo Activator (Ac), Mutator (MuDR), Supressor-mutator (En/Spm) e Mariner. Para podermos comparar a diversidade dos TEs nos genomas das gramíneas, nós buscamos os TEs em espécies relacionadas a cana-de-açúcar tais como O sativa, Z. mays e S. bicolor. Nós também apresentamos os resultados preliminares do potencial uso de TEs como marcadores moleculares na identificaçäo de cultivares.
Texto completo:
Disponible
Índice:
LILACS (Américas)
Asunto principal:
Plantas
/
Elementos Transponibles de ADN
/
Etiquetas de Secuencia Expresada
Tipo de estudio:
Estudio pronóstico
Idioma:
Inglés
Revista:
Genet. mol. biol
Asunto de la revista:
Genética
Año:
2001
Tipo del documento:
Artículo
País de afiliación:
Brasil
Institución/País de afiliación:
USP/BR
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