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A distributed computation of Interpro Pfam, PROSITE and ProDom for protein annotation
Ribeiro Ede, O; Zerlotini, G. G; Lopes, I. R; Ribeiro, V. B; Melo, A. C; Walter, M. E; Costa, M. M.
  • Ribeiro Ede, O; Universidade de Brasília. Departamento de Ciência da Computação. Brasília. BR
  • Zerlotini, G. G; Universidade de Brasília. Departamento de Ciência da Computação. Brasília. BR
  • Lopes, I. R; Universidade de Brasília. Departamento de Ciência da Computação. Brasília. BR
  • Ribeiro, V. B; Universidade de Brasília. Departamento de Ciência da Computação. Brasília. BR
  • Melo, A. C; Universidade de Brasília. Departamento de Ciência da Computação. Brasília. BR
  • Walter, M. E; Universidade de Brasília. Departamento de Ciência da Computação. Brasília. BR
  • Costa, M. M; EMBRAPA Recursos Genéticos e Biotecnologia. Brasília. BR
Genet. mol. res. (Online) ; 4(3): 590-598, 2005. tab, ilus
Artículo en Inglés | LILACS | ID: lil-444952
ABSTRACT
Interpro is a widely used tool for protein annotation in genome sequencing projects, demanding a large amount of computation and representing a huge time-consuming step. We present a strategy to execute programs using databases Pfam, PROSITE and ProDom of Interpro in a distributed environment using a Java-based messaging system. We developed a two-layer scheduling architecture of the distributed infrastructure. Then, we made experiments and analyzed the results. Our distributed system gave much better results than Interpro Pfam, PROSITE and ProDom running in a centralized platform. This approach seems to be appropriate and promising for highly demanding computational tools used for biological applications.
Asunto(s)
Texto completo: Disponible Índice: LILACS (Américas) Asunto principal: Sistemas de Administración de Bases de Datos / Proyecto Genoma Humano / Biología Computacional / Análisis de Secuencia de Proteína / Bases de Datos de Proteínas Límite: Humanos Idioma: Inglés Revista: Genet. mol. res. (Online) Asunto de la revista: Biologia Molecular / Genética Año: 2005 Tipo del documento: Artículo País de afiliación: Brasil Institución/País de afiliación: EMBRAPA Recursos Genéticos e Biotecnologia/BR / Universidade de Brasília/BR

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