Identification and molecular characterization of norovirus in São Paulo State, Brazil / Identificação e caracterização molecular de norovírus em surtos de gastroenterites no Estado de São Paulo

ABSTRACT

Norovirus (NoV), previously called Norwalk-like virus, represents an important group of human pathogens associated with outbreaks of nonbacterial gastroenteritis. Epidemiological surveys of outbreaks have shown that the most important routes of transmission are person-to-person contacts and contaminated food and water, with the virus affecting adults and children. NoV is classified into genogroups, being genogroups GI, GII and GIV found in humans. In view of the high genetic diversity of NoV and the lack of information about this virus in Brazil, the aim of the present study was the molecular characterization of NoV isolated from diarrheic stool samples of patients from São Paulo State. In this study, 204 stool specimens collected during diarrhea outbreaks were analyzed by RT-PCR, and 12 were sequenced for genogroup confirmation. One-step PCR was performed in order to amplify the B region of ORF 1 using the MON 431, 432, 433 and 434 primer pool. From total, 32 (15.7 percent) stool specimens were positive for NoV genogroup GII. Comparison of the sequences of the PCR products to GenBank sequences showed 88.8 percent to 98.8 percent identity, suggesting the presence of genogroup GII in gastroenteritis outbreaks in São Paulo State.

RESUMO

Norovírus (NoV), anteriormente chamado Norwalk-like vírus, constituem um importante grupo de patógeno humano associado a surtos de gastroenterites não bacterianas. Levantamentos epidemiológicos de surtos demonstram que as mais importantes vias de transmissão são contatos pessoa-pessoa, água e alimentos contaminados, afetando adultos e crianças. Os NoV são classificados em genogrupos, sendo os genogrupos GI, GII e GIV encontrados em humanos. A grande diversidade genética dos NoV e a falta de informação sobre esses vírus no Brasil determinaram o tema deste estudo que teve como objetivo a identificação e caracterização molecular de NoV em amostras fecais de pacientes com gastroenterites, provenientes de surtos de diarréia no estado de São Paulo. Neste estudo, 204 amostras de fezes coletadas durante surto de diarréia foram analisadas por RT-PCR, e 12 foram seqüenciadas para confirmar o genogrupo. O método one step PCR foi empregado para a amplificação da região B da ORF1 com o pool de primers MON 431, 432, 433 e 434. Do total, 32 (15,7 por cento) amostras foram positivas para norovírus genogrupo GII. A comparação das seqüências dos produtos de PCR às seqüências do GenBank demonstrou 88,8 por cento a 98,8 por cento de identidade, sugerindo a presença de norovírus genogrupo GII em surtos de gastroenterites no Estado de São Paulo.