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Xylella fastidiosa comparative genomic database is an information resource to explore the annotation, genomic features, and biology of different strains
Varani, Alessandro M; Monteiro-Vitorello, Claudia B; Almeida, Luiz G. P. de; Souza, Rangel C; Cunha, Oberdan L; Lima, Wanessa C; Civerolo, Edwin; Sluys, Marie-Anne Van; Vasconcelos, Ana T. R.
  • Varani, Alessandro M; Universidade de São Paulo. Instituto de Biociências. Departamento de Botânica. Genome and Transposable Elements Laboratory. São Paulo. BR
  • Monteiro-Vitorello, Claudia B; Universidade de São Paulo. Instituto de Biociências. Departamento de Botânica. Genome and Transposable Elements Laboratory. São Paulo. BR
  • Almeida, Luiz G. P. de; Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis. BR
  • Souza, Rangel C; Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis. BR
  • Cunha, Oberdan L; Universidade de São Paulo. Instituto de Biociências. Departamento de Botânica. Genome and Transposable Elements Laboratory. São Paulo. BR
  • Lima, Wanessa C; Universidade de São Paulo. Instituto de Biociências. Departamento de Botânica. Genome and Transposable Elements Laboratory. São Paulo. BR
  • Civerolo, Edwin; San Joaquin Valley Agricultural Sciences Center. United States Department of Agriculture. Agricultural Research Service. Parlier. US
  • Sluys, Marie-Anne Van; Universidade de São Paulo. Instituto de Biociências. Departamento de Botânica. Genome and Transposable Elements Laboratory. São Paulo. BR
  • Vasconcelos, Ana T. R; Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis. BR
Genet. mol. biol ; 35(1): 149-152, 2012. graf, tab
Artículo en Inglés | LILACS | ID: lil-617006
ABSTRACT
The Xylella fastidiosa comparative genomic database is a scientific resource with the aim to provide a user-friendly interface for accessing high-quality manually curated genomic annotation and comparative sequence analysis, as well as for identifying and mapping prophage-like elements, a marked feature of Xylella genomes. Here we describe a database and tools for exploring the biology of this important plant pathogen. The hallmarks of this database are the high quality genomic annotation, the functional and comparative genomic analysis and the identification and mapping of prophage-like elements. It is available from web site http//www.xylella.lncc.br.
Asunto(s)


Texto completo: Disponible Índice: LILACS (Américas) Asunto principal: Genoma / Secuencias Repetitivas Esparcidas / Genómica / Xylella Idioma: Inglés Revista: Genet. mol. biol Asunto de la revista: Genética Año: 2012 Tipo del documento: Artículo País de afiliación: Brasil / Estados Unidos Institución/País de afiliación: Laboratório Nacional de Computação Científica/BR / San Joaquin Valley Agricultural Sciences Center/US / Universidade de São Paulo/BR

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