Desenvolvimento de abordagens computacionais e ferramentas para a análise comparativa de genomas microbianos / Development of computational approaches and tools for comparative analysis of microbial genomes

RESUMO

Esta dissertação trata do desenvolvimento de abordagens computacionais e ferramentas para a análise comparativa de genomas microbianos em larga escala. Três sistemas independentes, porém complementares, desenvolvidos para a análise comparativa de genomas microbianos em geral e micobacterianos em particular são apresentados LocalCOG, sistema composto por um banco de dados relacional que permite o uso local das informações disponíveis no banco de dados COG (Cluster of Orthologous Groups); BioParser, programa que oferece interfaces gráficas para a manipulação e análise de resultados obtidos com o uso de programas de busca por similaridade de seqüência; GenoMycDB, banco de dados relacional construído para a análise comparativa de genomas micobacterianos ao nível de suas proteínas preditas...

ABSTRACT

This dissertations deals with the development of computational approaches and tools for large-scale comparative analysis of microbial genomes. We present three complementary, yet independent systems designed for comparative analyses of microbial genomes in general and mycobacterial genomes particulary LocalCOG, a relational database system built for local use of data from COG (Clusters of Orthologous Groups); BioParser, a program that offers graphical interfaces for parsing and analysing reports of sequence similarity searches; GenoMycDB, a relational database built for comparative analyses of mycrobacterial genomes based on their predicted protein content...