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Selection of reference genes for expression analysis in the entomophthoralean fungus Pandora neoaphidis
Chen, Chun; Xie, Tingna; Ye, Sudan; Jensen, Annette Bruun; Eilenberg, J ørgen.
  • Chen, Chun; China Jiliang University. Zhejiang Provincial Key Laboratory of Biometrology and Inspection & Quarantine. Hangzhou. CN
  • Xie, Tingna; China Jiliang University. Zhejiang Provincial Key Laboratory of Biometrology and Inspection & Quarantine. Hangzhou. CN
  • Ye, Sudan; China Jiliang University. Zhejiang Provincial Key Laboratory of Biometrology and Inspection & Quarantine. Hangzhou. CN
  • Jensen, Annette Bruun; China Jiliang University. Zhejiang Provincial Key Laboratory of Biometrology and Inspection & Quarantine. Hangzhou. CN
  • Eilenberg, J ørgen; China Jiliang University. Zhejiang Provincial Key Laboratory of Biometrology and Inspection & Quarantine. Hangzhou. CN
Braz. j. microbiol ; 47(1): 259-265, Jan.-Mar. 2016. tab, graf
Artículo en Inglés | LILACS | ID: lil-775129
ABSTRACT
Abstract The selection of suitable reference genes is crucial for accurate quantification of gene expression and can add to our understanding of host–pathogen interactions. To identify suitable reference genes in Pandora neoaphidis, an obligate aphid pathogenic fungus, the expression of three traditional candidate genes including 18S rRNA(18S), 28S rRNA(28S) and elongation factor 1 alpha-like protein (EF1), were measured by quantitative polymerase chain reaction at different developmental stages (conidia, conidia with germ tubes, short hyphae and elongated hyphae), and under different nutritional conditions. We calculated the expression stability of candidate reference genes using four algorithms including geNorm, NormFinder, BestKeeper and Delta Ct. The analysis results revealed that the comprehensive ranking of candidate reference genes from the most stable to the least stable was 18S (1.189), 28S (1.414) and EF1 (3). The 18S was, therefore, the most suitable reference gene for real-time RT-PCR analysis of gene expression under all conditions. These results will support further studies on gene expression in P. neoaphidis.
Asunto(s)


Texto completo: Disponible Índice: LILACS (Américas) Asunto principal: Estándares de Referencia / Entomophthorales / Perfilación de la Expresión Génica / Reacción en Cadena en Tiempo Real de la Polimerasa / Genes Fúngicos Tipo de estudio: Estudio pronóstico Idioma: Inglés Revista: Braz. j. microbiol Asunto de la revista: Microbiologia Año: 2016 Tipo del documento: Artículo / Documento de proyecto País de afiliación: China Institución/País de afiliación: China Jiliang University/CN

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