Population analysis of the CLOCK rs3749474T-rs4864548A haplotype and its relationship with obesity / Análisis poblacional in silico del haplotipo CLOCK rs3749474T-rs4864548A y su relación con obesidad

RESUMEN

Se ha sugerido que el haplotipo rs3749474T/rs4864548A del gen CLOCK aumentaría el riesgo de obesidad, pero se desconoce el patrón de variabilidad poblacional de estos alelos y del haplotipo. El objetivo de este estudio es determinar el nivel de ligamiento entre los alelos de riesgo rs3749474T y rs4864548A a partir de la base de datos 1000Genomes para confirmar la existencia del haplotipo TA de los polimorfismos rs3749474-rs4864548 del gen CLOCK y su frecuencia cinco macro poblaciones. Se analizó el desequilibrio de ligamiento y las frecuencias haplotípicas para 2504 individuos, de 26 poblaciones, utilizando el estadístico r y la prueba exacta de Fisher. Existe una alta frecuencia del haplotipo TA en Latinoamérica (44,8%), un alto desequilibrio de ligamiento (r= 0,92) a nivel mundial entre esos alelos, una alta diferenciación entre macro poblaciones y una alta homogeneidad al interior de ellas. La evidencia presentada permite sugerir la realización de posteriores estudios de asociación entre este haplotipo y el nivel de riesgo de obesidad y sobrepeso en poblaciones latinoamericanas.

ABSTRACT

It has been suggested that the rs3749474T/rs4864548A haplotype of the CLOCK gene increases the risk of obesity, but the population variability of these alleles and the haplotype is unknown. This research aims to determine the linkage between the rs3749474T and rs4864548A alleles from the database of 1000Genomes to confirm the existence of the TA haplotype polymorphisms of these alleles and their frequency in five macro populations. Linkage disequilibrium and haplotype frequencies for 2504 individuals from 26 populations were analyzed using the r statistic and Fisher's exact test. There is a high frequency of the TA haplotype in Latin America (44.8%), a high linkage disequilibrium (r2= 0.92) worldwide between these alleles, a high differentiation between macro populations, and a high homogeneity. The evidence warrants further studies on the association between this haplotype and the risk of obesity and overweight in Latin American populations.