Ancestros de Helicobacter pylori de una zona de Nariño con alto riesgo de cáncer gástrico / Helicobacter pylori ancestors from an area of Nariño with high risk of gastric cancer

RESUMEN

Objetivo: Determinar la ancestría de Helicobacter pylori aislado de pacientes provenientes de una zona de alto riesgo de cáncer gástrico del departamento de Nariño. Materiales y Métodos: Se incluyeron 16 pacientes con síntomas de dispepsia e infectados con Helicobacter pylori. Se utilizaron biopsias gástricas para el cultivo de Helicobacter pylori y subsecuente secuenciación del genoma total por Illumina MiSeq, 2x300 pb. El ensamblaje y anotación de los genomas se procedió mediante el uso de los algoritmos SPAdes y RASTtk. Las proporciones ancestrales de Helicobacter pylori se determinaron por STRUCTURE con el modelo de mezcla. Las diferencias entre estas proporciones se establecieron con las pruebas H de Kruskal Wallis y post hoc. Resultados: La estructura de la población de Helicobacter pylori deriva de cuatro poblaciones ancestrales Ancestral Europa (AE) (61.2%), Ancestral Africa1 (AA1) (35.7%), Ancestral Este de Asia (AEA) (3%) y Ancestral Africa2 (AA2) (0.1%), siendo significativas las diferencias entre las proporciones de los ancestros de Helicobacter pylori (p<0.05). Se identificaron diferencias estadísticamente significativas entre AA2 y AEA (p=0.022); AA2 y AA1 (p<0.05); AA2 y AE (p<0.05); AEA y AA1 (p=0.014) y AEA con AE (p<0.05), sin embargo, no se encontró diferencias significativas entre AA1 y AE (p=0.098), evaluadas por post hoc. Conclusión: Helicobacter pylori que coloniza la mucosa gástrica de una población de alto riesgo de cáncer gástrico en Nariño, deriva su acervo genético principalmente de ancestros europeos y africanos, confiriéndole a la bacteria alta capacidad competitiva asociada al desarrollo de lesiones severas en nichos gástricos amerindios.

ABSTRACT

Objective: To determine the ancestry of Helicobacter pylori isolated from patients from a high-risk area for gastric cancer in the department of Nariño. Materials and Methods: Sixteen patients with dyspepsia symptoms and infected with Helicobacter pylori were included. Gastric biopsies were used for Helicobacter pylori culture and subsequent whole genome sequencing by Illumina MiSeq, 2x300 bp. Genome assembly and annotation proceeded by using the SPAdes and RASTtk algorithms. The ancestral proportions of Helicobacter pylori were determined by STRUCTURE with the mixture model. Differences between these proportions were established with Kruskal Wallis and post hoc H-tests. Results: The population structure of Helicobacter pylori derived from four ancestral populations Ancestral Europe (AE) (61.2%), Ancestral Africa1 (AA1) (35.7%), Ancestral East Asia (AEA) (3%) and Ancestral Africa2 (AA2) (0.1%), with differences between the proportions of Helicobacter pylori ancestors being significant (p<0.05). Statistically significant differences were identified between AA2 and AEA (p=0.022); AA2 and AA1 (p<0.05); AA2 and AE (p<0.05); AEA and AA1 (p=0.014) and AEA with AE (p<0.05), however, no significant differences were found between AA1 and AE (p=0.098), evaluated by post hoc. Conclusion: Helicobacter pylori colonizing the gastric mucosa of a population at high risk of gastric cancer in Nariño, derives its gene pool mainly from European and African ancestors, giving the bacterium highly competitive capacity associated with the development of severe lesions in Amerindian gastric niches.