Abordagem de Bioinformática e Biologia de Sistemas para Identificar a Ligação Patogenética entre Insuficiência Cardíaca e Sarcopenia / Bioinformatics and Systems Biology Approach to Identify the Pathogenetic Link between Heart Failure and Sarcopenia

RESUMO

Resumo Fundamento Apesar das evidências crescentes de que pacientes com insuficiência cardíaca (IC) são suscetíveis à sarcopenia, o motivo da associação não é bem compreendido. Objetivo O objetivo deste estudo é explorar ainda mais o mecanismo molecular de ocorrência desta complicação. Métodos Conjuntos de dados de expressão gênica para HF (GSE57345) e Sarcopenia (GSE1428) foram obtidos do banco de dados Gene Expression Omnibus (GEO). Genes diferencialmente expressos (DEGs) foram identificados usando pacotes 'edgeR' e "limma" de R, e suas funções foram analisadas usando Gene Ontology (GO) e a Enciclopédia de Genes e Genomas de Kyoto (KEGG). Redes de interação proteína-proteína (PPI) foram construídas e visualizadas usando Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes (STRING) e Cytoscape. Os genes hub foram selecionados usando o plugin cytoHubba e validados com GSE76701 para IC e GSE136344 para Sarcopenia. As vias relacionadas e os mecanismos moleculares dos genes hub foram realizados pela análise de enriquecimento de genes (GSEA). As análises estatísticas foram realizadas no software R. P < 0,05 foi considerado estatisticamente significativo. Resultados Foram encontrados 114 DEGs comuns. As vias relacionadas ao fator de crescimento, secreção de insulina e cGMP-PKG estavam enriquecidas tanto na IC quanto na sarcopenia. Descobriu-se que CYP27A1, KCNJ8, PIK3R5, TIMP2, CXCL12, KIT e VCAM1 são genes hub significativos após validação com GSEA enfatizando a importância dos genes hub na regulação da resposta inflamatória. Conclusão Nosso estudo revela que a IC e a Sarcopenia compartilham vias e mecanismos patogênicos comuns. Estes achados podem sugerir novas direções para pesquisas futuras sobre a patogênese subjacente.

ABSTRACT

Abstract Background Despite increasing evidence that patients with heart failure (HF) are susceptible to sarcopenia, the reason for the association is not well understood. Objective The purpose of this study is to explore further the molecular mechanism of the occurrence of this complication. Methods Gene expression datasets for HF (GSE57345) and Sarcopenia (GSE1428) were obtained from the Gene Expression Omnibus (GEO) database. Differentially expressed genes (DEGs) were identified using 'edgeR' and "limma" packages of R, and their functions were analyzed using Gene Ontology (GO) and the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). Protein-protein interaction (PPI) networks were constructed and visualized using Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes (STRING) and Cytoscape. Hub genes were selected using the plugin cytoHubba and validation with GSE76701 for HF and GSE136344 for Sarcopenia. The related pathways and molecular mechanisms of the hub genes were performed by Gene set enrichment analysis (GSEA). The statistical analyses were performed using R software. P < 0.05 was considered statistically significant. Results A total of 114 common DEGs were found. Pathways related to growth factor, Insulin secretion and cGMP-PKG were enriched in both HF and Sarcopenia. CYP27A1, KCNJ8, PIK3R5, TIMP2, CXCL12, KIT, and VCAM1 were found to be significant hub genes after validation, with GSEA emphasizing the importance of the hub genes in the regulation of the inflammatory response. Conclusion Our study reveals that HF and Sarcopenia share common pathways and pathogenic mechanisms. These findings may suggest new directions for future research into the underlying pathogenesis.