Tipagem molecular de bacilos grem-negativos não-fermentadores / Molecular typing of non-fermentative gram-negative bacilli: comparison and application of different techniques

RESUMO

OBJETIVOS: (a) Avaliar três técnicas para a tipagem molecular de bacilos Gram-negativos não-fermentadores (BGN-NF) isolados na América Latina (AL); (b) propor modificações na técnica PFGE para bactérias sensíveis a degradação do DNA; e (c) avaliar a aplicabilidade destas técnicas de tipagem molecular em estudos longos de epidemiologia hospitalar. MÉTODOS: Três coleções diferentes de bactérias foram avaliadas. Primeiro foi estudado um grupo de 126 BGN-NF (64 P. aeruginosa, 42 A. baumannii e 20 S. maltophifa) isolados do sangue de pacientes atendidos em 10 centros médicos localizados na AL no ano de 1998 e. de pacientes atendidos no Hospital São Paulo (HSP) entre os anos de 1999 e 2001. Todos estes isolados clínicos foram submetidos à tipagem molecular pelas técnicas ribotipagem automatizada, PFGE e ERIC-PCR. O poder discriminatório (PD) de cada técnica foi calculado utilizando a fórmula de Hunter. Um segundo grupo de amostras bacterianas foi composto por 66 isolados clínicos sensíveis a degradação do DNA pela técnica PFGE e incluiu as seguintes espécies E. coli (22 amostras), K. pneumoniae (4 amostras), E. cloacae (2 amostras), S. marcescens (12 amostras), P. aeruginosa (17 amostras), Acinetobacter spp. (5 amostras) e Salmonella spp. (4 amostras). Todas as 66 amostras foram submetidas à tipagem molecular pela técnica PFGE, sendo que a eletroforese foi realizada com e sem a adição de tiourea no tampão de corrida TBE. Um terceiro grupo incluiu 26 isolados clínicos de P. aeruginosa resistentes ao imipenem (PARI), isolados de pacientes atendidos no HSP durante um período de 6 anos (1997 a 2002). Todas as amostras eram representantes de feridas cirúrgicas e foram submetidas à tipagem molecular utilizando as técnicas PFGE e ribotipagem automatizada. RESULTADOS: Todas as amostras pertencentes ao primeiro grupo foram tipáveis pelas técnicas ERIC-PCR e ribotipagem automatizada e duas (1,6 por cento) amostras não foram tipáveis pela técnica PFGE. As três técnicas apresentaram 100 por cento de reprodutibilidade. O tempo necessário para realização da ribotipagem automatizada e ERIC-PCR foram menores quando comparados com o tempo necessário para realização do PFGE. O ERIC-PCR e o PFGE apresentaram custo mais baixo que a ribotipagem automatizada; no entanto, a interpretação dós resultados pelo ERIC-PCR foi mais difícil. As três técnicas…