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Gene Class expression: analysis tool of Gene Ontology terms with gene expression data
Pereira, G. S; Brandão, R. M; Giuliatti, S; Zago, M. A; Silva, W. A.
  • Pereira, G. S; USP. Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Departamento de Genética. Ribeirão Preto. BR
  • Brandão, R. M; Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Centro Regional de Hemoterapia. Ribeirão Preto. BR
  • Giuliatti, S; USP. Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Departamento de Genética. Ribeirão Preto. BR
  • Zago, M. A; Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Centro Regional de Hemoterapia. Ribeirão Preto. BR
  • Silva, W. A; USP. Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Departamento de Genética. Ribeirão Preto. BR
Genet. mol. res. (Online) ; 5(1): 108-114, Mar. 31, 2006. ilus
Article Dans Anglais | LILACS | ID: lil-449141
ABSTRACT
Serial analysis of gene expression (SAGE) technology produces large sets of interesting genes that are difficult to analyze directly. Bioinformatics tools are needed to interpret the functional information in these gene sets. We present an interactive web-based tool, called Gene Class, which allows functional annotation of SAGE data using the Gene Ontology (GO) database. This tool performs searches in the GO database for each SAGE tag, making associations in the selected GO category for a level selected in the hierarchy. This system provides user-friendly data navigation and visualization for mapping SAGE data onto the gene ontology structure. This tool also provides graphical visualization of the percentage of SAGE tags in each GO category, along with confidence intervals and hypothesis testing.
Sujets)

Texte intégral: Disponible Indice: LILAS (Amériques) Sujet Principal: Logiciel / Terminologie / Étiquettes de séquences exprimées / Analyse de profil d'expression de gènes / Bases de données génétiques Type d'étude: Facteurs de risque Limites du sujet: Animaux / Humains langue: Anglais Texte intégral: Genet. mol. res. (Online) Thème du journal: Biologie moléculaire / Génétique Année: 2006 Type: Article Pays d'affiliation: Argentine / Brésil Institution/Pays d'affiliation: Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto/BR / USP/BR

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