Variants in the IFN ? transcription factor genes TBET, STAT1, STAT4, and HLX and the risk of pulmonary tuberculosis in a Colombian population: a case-control study / Variantes en los factores de transcripción para IFN ?, TBET, STAT1 , STAT4 y HLX , y el riesgo de desarrollar tuberculosis pulmonar en un estudio de casos y controles de una población colombiana

ABSTRACT

Introduction: Interferon gamma (IFN ? ) is the most potent cytokine involved in the control of Mycobacterium tuberculosis ( Mtb ), the etiological agent of human tuberculosis (TB). Patients with active TB present reduced levels of IFN ? , which may explain the lack of effective immunity against Mtb in these patients. The diminished expression of or functional alterations in trans-acting factors that regulate IFN ? gene expression may explain the reduced levels of IFN ? in TB patients. Objective: To investigate the relationships of genetic variants in the transcription factors TBET, STAT1, STAT4, and HLX to susceptibility/resistance to pulmonary TB. Materials and methods: Eight candidate single-nucleotide polymorphisms (SNPs) were selected, and genotyped in 466 unrelated pulmonary TB patients and 300 healthy controls from Colombia, and the allelic and genetic associations with TB were analyzed. Results: The results indicate that no SNP in the transcription factors studied is associated with TB. However, polymorphism rs11650354 in the TBET gene may be associated with a decreased risk of TB; the TT genotype was significantly associated with TB protection in a recessive genetic model (OR=0.089, 95% CI 0.01-0.73, p=0.0069), although this association was not maintained after multiple test correction (EMP2= 0.61). Conclusion: In this study, the rs11650354 variant of TBET was suggested to promote resistance to TB in a Colombian population. A future replication case-control study using additional samples will be necessary to confirm this suggestive association.

RESUMEN

Introducción. El interferón gama (IFN ? ) es la citocina más potente para controlar la infección por Mycobacterium tuberculosis , el agente etiológico de la tuberculosis humana. Los pacientes con tuberculosis activa presentan reducción de los niveles de IFN ? , lo cual parece explicar la inmunidad poco efectiva contra el bacilo. La disminución de su expresión o alteraciones funcionales de los factores transactivadores del promotor del gen de IFN ? , podrían explicar la reducción de los niveles de IFN ? en los pacientes con tuberculosis. Objetivo. Determinar la asociación de variantes genéticas en los factores de transcripción TBET STAT1, STAT4 y HLX con sensibilidad o resistencia a tuberculosis pulmonar. Materiales y métodos. Se seleccionaron ocho polimorfismos de un solo nucleótido ( Single-Nucleotide Polymorphism , SNP) y se estableció su genotipo, en 466 pacientes con tuberculosis pulmonar y 300 controles sanos en Colombia; además, se hizo un análisis de asociación alélica y genética. Resultados. Los resultados indican que los SNP de los factores de transcripción estudiados no están asociados con tuberculosis; sin embargo, el polimorfismo rs11650354 en TBET puede estar implicado en la disminución de riesgo de tuberculosis. El genotipo TT de TBET se asoció significativamente con protección contra tuberculosis usando un modelo genético recesivo (OR=0,089; CI 95% 0,01-0,73; p=0,0069); sin embargo, la corrección mediante pruebas múltiples de ajuste abolió esta asociación ( Empirical P Value, EMP2=0,61). Conclusión. En este estudio se sugiere un efecto de la variante rs11650354 de TBET sobre la resistencia a la tuberculosis en la población colombiana. Es necesario desarrollar un estudio de replicación usando muestras adicionales para confirmar esta asociación sugestiva.