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Development of quantitative detection method for Meloidogyne incognita by qPCR / Desenvolvimento do método de detecção quantitativo para Meloidogyne incognita por qPCR
Oliveira, Camilla Martins de; Souza Júnior, Ismail Teodoro de; Almeida, Nayane Oliveira; Freitas, Marcos Augusto de; Rocha, Mara Rúbia da; Petrofeza, Silvana.
  • Oliveira, Camilla Martins de; Universidade Federal de Goiás. Goiânia. BR
  • Souza Júnior, Ismail Teodoro de; Universidade Federal de Pelotas. Pelotas. BR
  • Almeida, Nayane Oliveira; Universidade Federal de Goiás. Goiânia. BR
  • Freitas, Marcos Augusto de; Fitopatologista da JEM Análise Agrícola. Aparecida de Goiânia. BR
  • Rocha, Mara Rúbia da; Universidade Federal de Goiás. Goiânia. BR
  • Petrofeza, Silvana; Universidade Federal de Goiás. Goiânia. BR
Biosci. j. (Online) ; 36(1): 78-86, jan./feb. 2020. graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-1049198
ABSTRACT
The root-knot nematode (Meloidogyne spp.) is the most important plant-parasitic nematode genus, they are the most common and destructive pathogens in this group. They produce some of the most drastic symptoms in plants and can significantly reduce the yield of crops. In order to achieve deploy an efficient method of plant-parasitic nematode management, is necessary an identification and quantification accurate and reliable of plant-parasitic nematodes. The aim of this study was to analyze samples in qPCR to detect and quantify M. incognita, in the field samples, comparing different methods of extraction of DNA and its efficacy in establishing the number of individuals. For this purpose the effectiveness of different DNA methods of extraction was compared through the values of CT intervals. For standard curve and method comparisons, we used nematodes multiplied in a greenhouse and carefully separated in the specific quantities of the experiments. For the number of individuals experiment field samples previously counted under an optical microscope were used. The DNA extraction was made from 100 nematodes by the

methods:

CTAB, Phenol Chloroform and commercial kit (PureLink® Genomic DNA Kit, Invitrogen). In the comparative analysis using the three methods of DNA extracting from 100 nematodes, it was observed that commercial kit and CTAB methods obtained CT values similar. The CTAB method of extraction, showed less variation in the repeats and greater linearity of standard curve in comparison with other methods tested. So, it was possible to quantify the samples through the CT value intervals, established from different numbers of individuals (1, 10, 25, 100, 250, 500 and 750), in field samples. This study demonstrated that qPCR technique is an alternative sensitive and reliable for the quantification of M. incognita to support laboratories of diagnose and field survey.
RESUMO
Os nematoides-das-galhas (Meloidogyne spp.) é o gênero de fitonematoide mais importante, são os patógenos mais comuns e destrutivos deste grupo. Eles produzem alguns dos sintomas mais drásticos nas plantas e podem reduzir significativamente o rendimento das culturas. Para conseguir implantar um método eficiente de manejo de nematoides parasitas de plantas, é necessária a identificação e quantificação precisa e confiável dos fitonematoides. O objetivo deste estudo foi analisar amostras em qPCR para detectar e quantificar M. incognita, em amostras de campo, comparando diferentes métodos de extração do DNA e sua eficácia no estabelecimento do número de indivíduos. Para este propósito, a eficácia de diferentes métodos de extração de DNA foi comparada através dos valores dos intervalos de Ct. Para comparações padrão de curvas e métodos, usamos nematoides multiplicados em casa de vegetação e cuidadosamente separados nas quantidades específicas dos experimentos. Para o número de indivíduos, foram utilizadas amostras de campo previamente contadas sob um microscópio óptico. A extração de DNA foi realizada a partir de 100 nematoides, pelos

métodos:

CTAB, Phenol Clorofórmio e kit comercial (PureLink® Genomic DNA Kit, Invitrogen). Na análise comparativa utilizando os três métodos de extração de DNA a partir de 100 nematoides, observou-se que o kit comercial e os métodos de CTAB obtiveram valores de CT semelhantes. O método de extração CTAB apresentou menor variação nas repetições e maior linearidade da curva padrão em comparação com os demais métodos testados. O coeficiente de correlação (R2) da curva padrão foi de 0,98 indicando uma relação linear entre o valor de Ct e a quantidade de padrões de DNA variando de 90 a 0,00009 ng.µL-1. Assim, foi possível quantificar as amostras através dos intervalos de valores de CT, estabelecidos a partir de diferentes números de indivíduos (1, 10, 25, 100, 250, 500 e 750), em amostras de campo. Este estudo demonstrou que a técnica de qPCR é uma alternativa sensível e confiável para a quantificação de M. incognita, para apoiar laboratórios de diagnóstico e levantamentos de campo.
Assuntos


Texto completo: DisponíveL Índice: LILACS (Américas) Assunto principal: Tylenchoidea / Monitoramento Ambiental / Diagnóstico / Nematoides Tipo de estudo: Estudo diagnóstico Idioma: Inglês Revista: Biosci. j. (Online) Assunto da revista: Agricultura / Disciplinas das Ciˆncias Biol¢gicas / Pesquisa Interdisciplinar Ano de publicação: 2020 Tipo de documento: Artigo País de afiliação: Brasil Instituição/País de afiliação: Fitopatologista da JEM Análise Agrícola/BR / Universidade Federal de Goiás/BR / Universidade Federal de Pelotas/BR

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