BpuAmI: a novel SacI neoschizomer from Bacillus pumilus discovered in an isolate from Amazon Basin, recognizing 5'-GAG FONT FACE=Symbol>¯ /FONT>CTC-3'

ABSTRACT

A strain of Bacillus pumilus was isolated and identified from water samples collected from a small affluent of the Amazon River. Type II restriction endonuclease activity was detected in these bacteria. The enzyme was purified and the molecular weight of the native protein estimated by gel filtration and SDS-PAGE. The optimum pH, temperature and salt requirements were determined. Quality control assays showed the complete absence of "nonspecific nucleases." Restriction cleavage analysis and DNA sequencing of restriction fragments allowed the unequivocal demonstration of 5´GAG FONT FACE=Symbol>¯ /FONT>CTC3´ as the recognition sequence. This enzyme was named BpuAmI and is apparently a neoschizomer of the prototype restriction endonuclease SacI. This is the first report of an isoschizomer and/or neoschizomer of the prototype SacI identified in the genus Bacillus.

RESUMO

Uma linhagem de Bacillus pumilus foi isolada e identificada de amostras de águas coletadas em um pequeno Igarapé do Rio Amazonas. Foi detectada atividade de restrição do tipo II nesta bactéria. A enzima foi purificada e o peso molecular da proteína nativa foi estimado por gel filtração e por eletroforese em gel de poliacrilamida. Foram determinados, o pH e temperatura ótimos e as necessidades de sais. Os ensaios do controle de qualidade mostraram uma ausência completa de "nucleases não específicas". As analises das clivagens e o seqüenciamento do DNA dos fragmentos de restrição permitiram uma demonstração inequívoca de que 5´GAG FONT FACE=Symbol>¯ /FONT>CTC 3´ é a seqüência de reconhecimento da enzima. Esta enzima foi denominada de BpuAmI e aparentemente é um neoesquisômero da enzima protótipo SacI. Este é o primeiro relato de um isoesquisômero e/ou neoesquisômero da enzima protótipo SacI identificada no gênero Bacillus.