In silico inhibition of urease and CagA enzymes as targets against helicobacter pylori: an overview on capes 2022 database / Inibição in silico das enzimas urease e CagA como alvo contra helicobacter pylori: uma visão geral no banco de dados da capes 2022 / Inhibición in silico de las enzimas urease y CagA como objetivos contra helicobacter pylori: una resumen de la base de datos capes 2022

ABSTRACT

The proliferation, adaptive capability, and action of the Helicobacter pylori bacterium in the human stomach make it a worldwide public health issue. This bacterium is associated with gastrointestinal diseases such as stomach cancer. Adding to this challenge is the emergence of multi-drug-resistant and pan-drug-resistant pathogens among gram-negative bacteria, a category to which Helicobacter pylori belongs, making the elimination of this microorganism a daunting task. Therefore, there is an urgent need for the development of new treatment strategies to address this issue, and one potential way is the in silico method, specifically Computer-Aided Drug Design (CADD), which suggests new starting points in the search for innovative therapies and can be combined with traditional research methods (in vitro, in vivo, and ex-vivo). In this context, this review, utilizing data from the Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) database, provides an overview of the various proposals discussed in 2022 that focus on the inhibition of proteins favorable to the colonization, virulence, and pathogenicity of H. pylori using in silico methods. Thus, several articles were inspected in the CAPES database. With a focus on molecular docking and/or molecular dynamics, pharmacokinetics, drug-like characteristics, and toxicity, 15 articles were identified that indicated the most studied enzymes in 2022 were urease and CagA. Furthermore, it was observed that the nature of the compounds used in inhibition was diverse - essential oils, flavonoids, pyrazolines, benzimidazoles, tetrahydropyrimidines, and benzothiazoles. All of these compounds were found to have the potential to be anti-urease and/or anti-CagA agents.

RESUMO

A proliferação, capacidade adaptativa e ação no estômago humano da bactéria Helicobacter pylori, torna-a um problema de saúde pública a nível mundial. Esta bactéria é associada a doenças gastrointestinais, como o câncer de estômago. Somado a isso, o surgimento de patógenos multirresistentes e pan-resistentes a medicamentos entre bactérias gram-negativas, categoria à qual a Helicobacter pylori encontra-se, torna a eliminação desse micro-organismo desafiadora. Assim, há uma urgente necessidade do desenvolvimento de novas estratégias de tratamento para enfrentar esse problema, e uma possível saída é o método in silico, especificamente Computer-Aided Drug Design (CADD), que sugere novos pontos de partida na busca novas terapias e pode ser combinado aos métodos tradicionais de pesquisa (in vitro, in vivo, e ex-vivo). Neste contexto, esta revisão, utilizando a base de dados da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), fornece um panorama geral das diferentes propostas discutidas em 2022 que abordam a inibição de proteínas favoráveis à colonização, virulência e patogenicidade de H. pylori utilizando métodos in silico. Assim, diversos artigos foram inspecionados no banco de dados CAPES. Com foco em ancoragem molecular e/ou dinâmica molecular, farmacocinética, características drug-likeness e toxicidade, foram identificados 15 artigos que indicaram que as enzimas mais estudas em 2022 foram a urease e cagA. Além disso, foi observado que a natureza dos compostos utilizados na inibição era variada - óleos essenciais, flavonóides, pirazolinas, benzimidazóis, tetrahidropirimidinas e benzotiazóis. Todos esses compostos mostraram ser potenciais anti-urease e/ou anti-CagA.

RESUMEN

La proliferación, capacidad adaptativa y acción de la bacteria Helicobacter pylori en el estómago humano la convierten en un problema de salud pública a nivel mundial. Esta bacteria está asociada con enfermedades gastrointestinales como el cáncer de estómago. A esto se suma el surgimiento de patógenos resistentes a múltiples fármacos y completamente resistentes entre las bacterias gram-negativas, una categoría a la que pertenece Helicobacter pylori, lo que dificulta aún más la eliminación de este microorganismo. Por lo tanto, existe una urgente necesidad de desarrollar nuevas estrategias de tratamiento para abordar este problema, y una posible vía es el método in silico, específicamente el Computer-Aided Drug Design (CADD), que sugiere nuevos puntos de partida en la búsqueda de terapias innovadoras y puede combinarse con métodos de investigación tradicionales (in vitro, in vivo y ex vivo).En este contexto, esta revisión, utilizando datos de la base de datos de la Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), ofrece una visión general de las diversas propuestas discutidas en 2022 que se centran en la inhibición de proteínas favorables a la colonización, virulencia y patogenicidad de H. pylori utilizando métodos in silico. Así, varios artículos fueron inspeccionados en la base de datos de la CAPES. Con un enfoque en el acoplamiento molecular y/o la dinámica molecular, la farmacocinética, las características similares a las de los fármacos y la toxicidad, se identificaron 15 artículos que indicaban que las enzimas más estudiadas en 2022 fueron la ureasa y la CagA. Además, se observó que la naturaleza de los compuestos utilizados en la inhibición era diversa aceites esenciales, flavonoides, pirazolinas, bencimidazoles, tetrahidropirimidinas y benzotiazoles. Se descubrió que todos estos compuestos tenían el potencial de ser agentes antiureasa y/o anti-CagA.