Integração de dados de expressão gênica e proteômica em redes de interação proteína-proteína de Trypanosoma cruzi

RESUMO

Paradoxalmente vivemos um momento da pesquisa científica em que possuímos um volume abundante de dados, mas com dificuldades cada vez maiores de se obter informações a partir deles. Diversidade de formatos, dificuldade na construção de uma forma de acesso simples, mas não superficial, ausência de um identificador único para as unidades biológicas de estudo (proteínas, RNAs, genes, etc.) e falta de integração entre os bancos de dados são alguns dos desafios enfrentados cotidianamente na tarefa de mineração de informações a partir dessas diversas fontes. Com o objetivo de contribuir na tarefa de extração de informações a partir de fontes públicas, mediante a integração de dados de enriquecimento funcional, construímos uma metodologia de trabalho que permite a obtenção, filtragem e tratamento de dados oriundos do banco STRING v.10 e de análises massivas de RNA e proteínas, integrando-os em redes de interação proteína-proteína através do software Cytoscape. Como organismo modelo, trabalhamos com dois clones de Trypanosoma cruzi, apresentando diferenças relacionadas aos perfis de infectividade (alta e baixa infectividade). Utilizamos dados de genes diferencialmente expressos identificados em experimentos de RNA-Seq e shotgun proteomics . Durante o estudo foram construídos 11 scripts e 3 programas, parte integrante de uma metodologiamodular aplicável a outros organismos e modelos experimentais, tanto em sua totalidade quando parcialmente