Identification of sugarcane genes involved in the purine synthesis pathway

RESUMO

A via de síntese de purino nucleotídeos é considerada uma via de central importância para todas as células. Na maioria dos organismos, os purino nucleotídeos säo sintetizados "de novo" a partir de precursores näo-nucleotídicos como amino ácidos, amônia e dióxido de carbono. O conhecimento das enzimas envolvidas na via de síntese de purinas da cana-de-açúcar vai abrir a possibilidade do uso dessas enzimas como alvos no desenho racional de inibidores no combate a agentes fitopatogênicos, como esta sendo feita com diversos parasitos e células cancerosas. A seguinte estratégia está sendo utilizada na identificaçäo de genes de cana-de-açúcar para cada membro da via de síntese de purinas Seqüências representativas dos genes que compõe a via foram escolhidas do banco de dados NCBI. Essas seqüências de peptídeos estäo sendo utilizadas em buscas ao banco de dados gerado pelo SUCEST pelo programa BLAST (implementaçäo tBLASTn). Alinhamentos com os clusters de cana-de-açúcar säo posteriormente analisados para sua significância estatística pela implementaçäo PRSS3 do algoritmo conhecido como Monte Carlo shuffling. Para calibrar a análise dos resultados de PRSS3, foram empregadas seqüências conhecidas de diferentes taxas ao longo da árvore filogenética. Essas seqüências säo comparadas duas a duas e com o cluster da cana-de-açúcar. A tabela de valores-p resultante indica o grau estatístico de similaridade e divergência entre as seqüências já descritas e entre essas e os clusters de cana-de-açúcar. Os resultados obtidos dessas análises estäo descritos neste artigo.