Gene Class expression: analysis tool of Gene Ontology terms with gene expression data
Genet. mol. res. (Online)
;
5(1): 108-114, Mar. 31, 2006. ilus
Artigo
em Inglês
| LILACS
| ID: lil-449141
ABSTRACT
Serial analysis of gene expression (SAGE) technology produces large sets of interesting genes that are difficult to analyze directly. Bioinformatics tools are needed to interpret the functional information in these gene sets. We present an interactive web-based tool, called Gene Class, which allows functional annotation of SAGE data using the Gene Ontology (GO) database. This tool performs searches in the GO database for each SAGE tag, making associations in the selected GO category for a level selected in the hierarchy. This system provides user-friendly data navigation and visualization for mapping SAGE data onto the gene ontology structure. This tool also provides graphical visualization of the percentage of SAGE tags in each GO category, along with confidence intervals and hypothesis testing.
Texto completo:
DisponíveL
Índice:
LILACS (Américas)
Assunto principal:
Software
/
Terminologia
/
Etiquetas de Sequências Expressas
/
Perfilação da Expressão Gênica
/
Bases de Dados Genéticas
Tipo de estudo:
Fatores de risco
Limite:
Animais
/
Humanos
Idioma:
Inglês
Revista:
Genet. mol. res. (Online)
Assunto da revista:
Biologia Molecular
/
Genética
Ano de publicação:
2006
Tipo de documento:
Artigo
País de afiliação:
Argentina
/
Brasil
Instituição/País de afiliação:
Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto/BR
/
USP/BR
Similares
MEDLINE
...
LILACS
LIS