Molecular characterization of swine hepatitis E virus from Southeastern Brazil

ABSTRACT

Despite serological evidences of presence of hepatitis E virus (HEV) in humans or other animals, until this study the virus had not been detected and molecular characterization of the isolate that circulates in Brazil had not been described. Thus, we collected stool samples of young pigs and tested for presence of HEV RNA by RT-PCR, using primers for partial amplification of ORF2 sequence. Phylogenetic analysis with sequence obtained from the amplified products revealed that the HEV isolate identified here was most closely related to HEV isolates of genotype 3, which is commonly detected in HEV infected pigs. Nucleotide sequence analyses carried out with the entire amplified fragment, ORF2/ORF3 overlapping and ORF2 non-overlapping sequences showed highest identities with the US isolate of genotype 3. Similarly, amino acid sequence analyses done with the entire amplified fragment, ORF2 non-overlapping, ORF2 and ORF3 overlapping sequences also showed highest identities with the genotype 3 isolate. Presence, in Brazil, of HEV of genotype 4, which also infects pigs, as well as HEV strains that infect humans still remain to be detected and characterized.

RESUMO

Apesar de evidências sorológicas da presença do vírus da hepatite E (VHE) em humanos ou outros animais, até o presente estudo o vírus não havia sido detectado e a caracterização molecular da cepa que circula no Brasil não havia sido descrita. Assim, amostras de fezes de porcos jovens foram colhidas e analizadas quanto a presença do ARN do VHE por RT-PCR, utilizando-se oligonucleotídeos para amplificação da seqüência parcial do ORF2 viral. Análise filogenética realizada com a seqüência obtida dos produtos amplificados revelou que a cepa encontrada apresentou relação próxima com cepas do genótipo 3 que são detectadas com freqüência em porcos. Análises das seqüências nucleotídicas realizadas com todo o segmento amplificado, com somente o segmento sobreposto do ORF2/ORF3 e aquele sem sobreposição do ORF2, em comparação com isolados de genótipos conhecidos, mostraram maior identidade com o isolado encontrado nos Estados Unidos (US) do genótipo 3. De maneira semelhante, análises da seqüência de aminoácidos realizadas com os mesmos segmentos também mostraram maior identidade com o isolado de genótipo 3. Presença ou não do vírus de genótipo 4, que também infecta porcos, ainda necessita ser verificada. Da mesma forma, cepas do VHE que infectam humanos ainda necessitam ser detectadas e caracterizadas.