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Xylella fastidiosa gene expression analysis by DNA microarrays
Travensolo, Regiane F; Carareto-Alves, Lucia M; Costa, Maria V. C. G; Lopes, Tiago J. S; Carrilho, Emanuel; Lemos, Eliana G. M.
  • Travensolo, Regiane F; Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal. Departamento de Tecnologia. Jaboticabal. BR
  • Carareto-Alves, Lucia M; Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal. Departamento de Tecnologia. Jaboticabal. BR
  • Costa, Maria V. C. G; Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal. Departamento de Tecnologia. Jaboticabal. BR
  • Lopes, Tiago J. S; Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal. Departamento de Tecnologia. Jaboticabal. BR
  • Carrilho, Emanuel; Universidade de São Paulo. Instituto de Química de São Carlos. São Carlos. BR
  • Lemos, Eliana G. M; Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal. Departamento de Tecnologia. Jaboticabal. BR
Genet. mol. biol ; 32(2): 340-353, 2009. graf, tab
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-513956
ABSTRACT
Xylella fastidiosa genome sequencing has generated valuable data by identifying genes acting either on metabolic pathways or in associated pathogenicity and virulence. Based on available information on these genes, new strategies for studying their expression patterns, such as microarray technology, were employed. A total of 2,600 primer pairs were synthesized and then used to generate fragments using the PCR technique. The arrays were hybridized against cDNAs labeled during reverse transcription reactions and which were obtained from bacteria grown under two different conditions (liquid XDM2 and liquid BCYE). All data were statistically analyzed to verify which genes were differentially expressed. In addition to exploring conditions for X. fastidiosa genome-wide transcriptome analysis, the present work observed the differential expression of several classes of genes (energy, protein, amino acid and nucleotide metabolism, transport, degradation of substances, toxins and hypothetical proteins, among others). The understanding of expressed genes in these two different media will be useful in comprehending the metabolic characteristics of X. fastidiosa, and in evaluating how important certain genes are for the functioning and survival of these bacteria in plants.

Texto completo: DisponíveL Índice: LILACS (Américas) Tipo de estudo: Estudo prognóstico Idioma: Inglês Revista: Genet. mol. biol Assunto da revista: Genética Ano de publicação: 2009 Tipo de documento: Artigo / Documento de projeto País de afiliação: Brasil Instituição/País de afiliação: Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho/BR / Universidade de São Paulo/BR

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