Detection of the single nucleotide polymorphism (rs2227307) in the human interleukin 8 gene using a different PCR-RFLP assay / Detecção do polimorfismo de base única (rs2227307) no gene interleucina 8 humano usando PCR-RFLP

ABSTRACT

Interleukin 8 (IL-8) is a chemokine that acts as a potent chemoattractant for neutrophils. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the human IL8 gene have been investigated in many disease association studies. We have developed a different PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment of Length Polymorphism) assay for genotyping the SNP (rs2227307) in the IL8 gene. This method was used for typing 147 white healthy Brazilian individuals, whose DNA was obtained from buccal epithelial cells and extracted with phenol: chloroform: isoamyl alcohol. Genomic DNA was amplified by PCR using a conventional thermal cycler. The PCR products (573 bp) were submitted to RFLP reactions. The RFLP fragments were analyzed in a 4% agarose gel stained with ethidium bromide. The genotype distribution observed in this study was consistent with the assumption of Hardy-Weinberg equilibrium and was similar (p=0.30) to those reported for other white populations in the SNP Database of the National Center for Biotechnology Information (NCBI). Because the PCR-RFLP method presented here was efficient, low cost, reproducible and convenient for laboratories with a limited level of technology worldwide, it should be useful for genotyping in case-control association or population genetic studies.

RESUMO

A Interleucina 8 é uma quimiocina com potente ação quimioatrativa para neutrófilos. Polimorfismos de base única (SNPs) no gene humano IL8 têm sido investigados em vários estudos de associação com doenças. Um método diferente de PCR-RFLP para genotipagem do SNP (rs2227307) do gene IL8 foi desenvolvido pelo nosso grupo. Esse método foi utilizado para genotipar 147 indivíduos brasileiros brancos saudáveis que tiveram seu DNA obtido de células da mucosa oral e extraído com fenol:clorofórmio:álcool isoamílico. DNA genômico foi amplificado por PCR usando um termociclador convencional, e a seguir os produtos da PCR (573 pb) foram submetidos a reações de RFLP. Os produtos de RFLP foram analisados em gel de agarose 4% impregnado com brometo de etídio. A distribuição do genótipo observado neste estudo foi consistente com o equilíbrio de Hardy-Weinberg e foi similar (p=0,30) ao reportado em outras populações brancas no banco de dados de SNPs do National Center for Biotechnology Information (NCBI). Este novo método de PCR-RFLP apresentado neste estudo foi eficiente, de baixo custo, reprodutível e conveniente para laboratórios com tecnologia limitada, podendo ser útil para utilização em estudos de genética de populações ou de associação com doenças (tipo caso-controle).