LASP-HIV-ResTool: desenvolvimento de uma ferramenta de bioinformática para análise de resistência do HIV-1 aos antirretrovirais / LASP-HIV-ResTool: development of a bioinformatics tool for analysis of HIV-1 resistance to antiretroviral

RESUMO

As terapias antirretrovirais (TARV) trouxeram um grande benefício para os pacientes infectados pelo HIV, porém não conseguem impedir totalmente o surgimento de formas virais resistentes, causadas principalmente pela elevada taxa mutacional do vírus. O desenvolvimento de resistência do HIV aos antirretrovirais é um fator limitante para o sucesso da TARV. Os portadores de vírus resistentes, além de não responderem adequadamente ao tratamento, podem também transmitir estes vírus mutantes, representando grave problema de saúde pública. O acúmulo de mutações de resistência aos antirretrovirais representa um desafio importante na melhoria do tratamento de pacientes com vírus multirresistentes. Atualmente, dois tipos de métodos estão estabelecidos para avaliação da resistência ou sensibilidade do HIV aos antirretrovirais os testes fenotípicos e genotípicos de resistência. As análises de resistência do HIV aos antirretrovirais, avançaram muito nos últimos anos com o desenvolvimento dos algoritmos para avaliação de resistência. Atualmente, uma série de sistemas de interpretação de resistência fenotípica e genotípica do HIV aos antirretrovirais estão disponíveis na Internet. Estes sistemas identificam respectivamente os níveis de sensibilidade in vitro aos antirretrovirais e mutações associadas à resistência em sequêcias virais, e retomam o perfil de resistência do HIV, funcionando portanto, como importantes ferramentas para utilização em análises de resistência. No presente trabalho, foi desenvolvida uma ferramenta de bioinformática para análise de resistência do HIV-1 aos antirretrovirais, chamada de LASP-HIV1-ResTool. A ferramenta LASP-HIV1-ResTool é capaz de otimizar a análise de dados genômicos do HIV-1, é de fácil manuseio e está disponível no site da unidade de bioinformática do LASP/CPqGM/FIOCRUZ, Bioafrica e 10C/FIOCRUZ para domínio público...

ABSTRACT

The antiretroviral therapy (HAART) has brought a great benefit to HIV-infectedpatients, but can not completely prevent the emergence of resistant viral forms, mainly caused by the high mutation rate of the virus. The development of HIV resistance to antiretroviral drugs is a limiting factor for the success of HAART. The patients with resistant virus, that do not respond adequately to treatment, may also transmit this virus mutants, representing a serious public health problem. The accumulation of resistancemutations to antiretroviral drugs represents a major challenge in improving the treatment of multiresistant virus. Currently, two types of methods are established to assess resistance or susceptibility of HIV to antiretroviral drugs the phenotypic and genotypicresistance. However, the analysis of HIV resistance to antiretrovirals, have advanced greatly in recent years with the development of algorithms for evaluation of resistance. Currently, a number of systems for interpretation of HIV resistance to antiretrovirals, using algorithms, are available on the Internet. These systems identify the mutations associated with resistance, in amino acids sequences and return the viral resistance profile of HIV, acting therefore as, important tools for use in resistanceanalysis. In this study, we developed a bioinformatics tool for analysis of HIV-1 resistance to antiretrovirals. This tool is easy to use, will be available at the bioinformatics unit of LASP / CPqGM / FIOCRUZ, Bioafrica and IOC / FIOCRUZ in public domain and is able to optimize the analysis of genomic data of HIV-1...