Detecção do Complexo Mycobacterium tuberculosis em escarro por PCR em tempo real / Detection of Mycobacterium tuberculosis complex in sputum by real-time PCR

RESUMO

A tuberculose é uma doença infecciosa de distribuição universal, constituindo um sério problema de saúde pública no Brasil e no mundo. Micobactérias que causam tuberculose em humanos ou animais possuem alta similaridade genética e, por este motivo, estão agrupadas dentro do Complexo Mycobacterium tuberculosis (CMT). A forma clínica mais comum é a tuberculose pulmonar. As técnicas tradicionais de diagnóstico laboratorial da tuberculose são a baciloscopia e a cultura. A baciloscopia, apesar de ser uma técnica rápida e de baixo custo, apresenta baixa sensibilidade e especificidade. A cultura é o padrão-ouro para o diagnóstico da tuberculose, porém consome muito tempo devido ao crescimento lento das espécies do CMT. Considerando que o diagnóstico rápido e acurado é essencial ao controle da tuberculose, o objetivo deste estudo foi avaliar o desempenho de uma metodologia de PCR em tempo real in house tendo como alvo o gene mpt64, específico para o CMT, diretamente em amostras de escarro de pacientes com suspeita de tuberculose, e comparar esta metodologia com os métodos fenotípicos de baciloscopia e cultura. Foram analisadas 715 amostras de escarro no período de agosto de 2012 a outubro de 2013. Estas amostras foram submetidas à baciloscopia, cultura, identificação de micobactérias por métodos bioquímicos e pelo método molecular de PRAhsp65, e PCR em tempo real. Com relação aos casos confirmados de tuberculose (n= 62 ou 8,7%), a baciloscopia apresentou sensibilidade de 82,3% (IC 95%, 71 – 89,8%). As técnicas de cultura e PCR em tempo real mostraram a mesma sensibilidade (90,3%; IC 95%, 80,5 – 95,5%). Os valores de especificidade foram 99,7% (IC 95%, 98,9 – 99,9%), 99,4% (IC 95%, 98,4 – 99,8%) e 98,6% (IC 95%, 97,4 – 99,3%) para a baciloscopia, cultura e PCR em tempo real, respectivamente. A metodologia de PCR em tempo real in house avaliada neste estudo apresentou sensibilidade igual à da cultura, que, apesar de demorada, continua sendo o padrão-ouro...

ABSTRACT

Tuberculosis is an infectious disease of global distribution, constituting a serious public health problem in Brazil and worldwide. Mycobacteria that cause tuberculosis in humans or animals have high genetic similarity, and are grouped within the Mycobacterium tuberculosis complex. The most common clinical presentation is pulmonary tuberculosis. Traditional techniques for the laboratory diagnosis of tuberculosis are smear microscopy and culture. The former, despite being a quick and inexpensive technique has low sensitivity and specificity. Culture is the gold standard in the diagnosis of tuberculosis, but very time consuming due to the slow growth of these microorganisms. Considering that the rapid and accurate diagnosis is essential for tuberculosis control, the aim of this study was to evaluate the performance of an in-house real-time PCR methodology targeting the mpt64 gene, specific for M. tuberculosis complex, applied directly in sputum samples of patients with suspected tuberculosis, and to compare this technique with the phenotypic methods of smear microscopy and culture. We analyzed 715 sputum samples from August 2012 to October 2013. These samples were submitted to smear microscopy, culture, identification of mycobacteria by biochemical methods and by the molecular method of PRAhsp65, and real-time PCR. With respect to confirmed tuberculosis cases (n=62 or 8.7%), the smear microscopy had a sensitivity of 82.3% (95% CI, 71 - 89.8%). Culture and real-time PCR showed the same sensitivity (90.3%; 95% CI, 80.5 - 95.5%). The specificity was 99.7% (95% CI, 98.9 - 99.9%), 99.4% (95% CI, 98.4 - 99.8%) and 98.6% (95% CI, 97.4 - 99.3%) for smear microscopy, culture and real-time PCR, respectively. The in-house real-time PCR targeting the mpt64 gene had a sensitivity equal to that of culture, which is still the gold standard, although being time consuming...