Genetic characterization of the domestic pig (Sus scrofa domestica) in Cerete-Colombia, using microsatellite markers / Caracterización genética del cerdo doméstico (Sus scrofa domestica) en Cereté - Colombia, usando marcadores microsatélites

ABSTRACT

Objective. The purpose of this study was to characterize a population of domestic pig (Sus scrofa domestica) in Cereté, Córdoba, using 20 microsatellite; calculate heterozygosity per locus and average heterozygosity. Materials and methods. Hair samples were collected from 62 specimens. DNA was extracted by proteinase K digestion and phenol-chloroform purification. Information from 20 microsatellites was selected out of those recommended for swine biodiversity studies. PCR products were separated by a vertical polyacrylamide gel electrophoresis. The bands were visualized by staining with silver nitrate. Results. All microsatellites used were polymorphic. Between 3 (SW1067) and 15 (IFNG) alleles were detected with an average number of 6.7 and a total de 134 alleles. The average expected and observed heterozygosities were 0.5278 and 0.5479, respectively. PIC values ranged between 0.1999 and 0.8300 for loci SW1067 and SW911, respectively. Conclusions. Levels of observed and expected heterozygosity found in the present study indicate that the domestic pig (Sus scrofa domestica) in Córdoba Cereté show high degree of genetic variability.

RESUMEN

Objetivo. El objetivo del presente estudio fue caracterizar una población de cerdo doméstico (Sus scrofa domestica) en Cereté, Córdoba utilizando 20 microsatélites; calcular la heterocigosidad por locus y la heterocigosidad media. Materiales y métodos. Se recolectaron muestras de bulbos de pelo de 62 ejemplares. El ADN se extrajo mediante digestión con proteinasa K y una purificación con fenol-cloroformo. Se utilizó la información proporcionada por 20 marcadores microsatélites de los recomendados para estudios de biodiversidad porcina. Los productos de PCR se separaron mediante electroforesis vertical en gel de poliacrilamida. Las bandas se visualizaron por tinción con nitrato de plata Resultados. Todos los microsatélites utilizados fueron polimórficos. Se detectaron, entre 3 (SW1067) y 15 (IFNG) alelos, con un número medio de alelos de 6.7 y un total de 134. Las heterocigosidades media esperadas y observadas fueron 0.5278 y 0.5479 respectivamente. Los valores del PIC oscilaron entre 0.1999 y 0.8300 para los loci SW1067 y SW911 respectivamente. Conclusiones. Los niveles de heterocigosidad observada y esperada encontrados en el presente estudio, indican que el cerdo doméstico (Sus scrofa domestica) en Cereté Córdoba muestran alto grado de variabilidad genética.