Protein biomarkers of external root resorption: A new protein extraction protocol. Are we going in the right direction?

ABSTRACT

OBJECTIVE: The aim of this study is to determine a protocol of gingival crevicular fluid protein extraction used for the first dimension of 2-DE gels. It also aims at conducting a review on the current candidates for protein markers of this pathology, all of which may be used to prevent the disease. METHODS: Gingival crevicular fluid was collected from two groups of 60 patients each, with and without external root resorption. Samples were extracted by means of various methods of protein extraction. SDS-PAGE gels were used to assess the quality of the method which was subsequently tested during isoelectric focusing of 2-DE gels taken from samples of patients with and without the disease. RESULTS: Milli-Q ultrapure ice cold water, without precipitation for gingival crevicular fluid protein extraction, proved the method with greatest sharpness to detect protein bands. Additionally, it allowed two-dimensional electrophoresis to be performed. CONCLUSION: The new protein extraction protocol does not interfere in isoeletric focusing of 2-DE gels. Furthermore, it provides the greatest sharpness in detecting protein bands of SDS-PAGE gels. This will allow mapping and searching of new external root resorption markers, particularly due to the difficulty in carrying out molecular tests with the current candidates for protein markers. .

RESUMO

OBJETIVO: o objetivo desse trabalho foi determinar o protocolo de extração proteica do fluido crevicular gengival, que pudesse ser utilizado para a realização da primeira dimensão dos géis 2-DE, bem como fazer uma revisão dos atuais candidatos a marcadores proteicos dessa patologia que podem ser utilizados na prevenção dessa doença. MÉTODOS: foi coletado o fluido crevicular gengival de dois grupos de 60 pacientes, com e sem a reabsorção radicular externa. As amostras foram extraídas por diversos métodos de extração proteica e utilizados géis SDS-PAGE para aferir a qualidade do método, que posteriormente foi testado durante a realização da focalização isoelétrica dos géis 2-DE, de amostras de pacientes com e sem a patologia. RESULTADOS: a utilização de água Milli-Q gelada ultrapura, sem nenhuma precipitação para a extração proteica do fluido crevicular gengival, foi o método com maior nitidez das bandas proteicas, além de permitir a realização da eletroforese bidimensional. CONCLUSÕES: o novo protocolo de extração proteica não interfere na focalização durante a realização dos géis 2-DE, além de maior nitidez na resolução das bandas proteicas dos géis SDS-PAGE. Isso permitirá o mapeamento e busca de novos marcadores da reabsorção radicular externa, tendo em vista a dificuldade de realização de testes moleculares com os atuais candidatos a marcadores proteicos. .