Xpert MTB/RIF test performance assay in respiratory samples at real work settings in a developing country / Rendimiento de la prueba Xpert MTB/RIF en muestras respiratorias en el escenario real de trabajo en un país en desarrollo

ABSTRACT

Introduction: The Xpert MTB/RIF test detects DNA from Mycobacterium tuberculosis complex and susceptibility to rifampin. It has been evaluated repeatedly under "ideal" conditions including centrifugation of sputum and bronchoalveolar lavage, Ziehl Neelsen (ZN) and auramine/rhodamine staining, as well as with solid and liquid automated culture methods. Results from such evaluations cannot be extrapolated to low-income countries that do not routinely use all these processes. Objective: To assess the performance of the Xpert MTB/RIF test in respiratory samples under "real" conditions of work in a low-income country and its correlation with phenotypic susceptibility testing. Materials and methods: We conducted a cross-sectional study to assess the performance of the Xpert MTB/RIF test in =12 year-old patients with suspected pulmonary tuberculosis. In routine sample processing at the Hospital we do not use sputum centrifugation, staining with auramine/rhodamine or automated liquid culture. Results: We screened 152 patients of whom 108 were eligible for the study and 103 were included in the analysis; 34% of the samples were positive. The overall test sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV) were 91%, 92%, 83% and 96%, respectively. In ZN-negative samples the sensitivity, specificity, PPV and NPV were 87%, 91%, 68% and 97%, respectively. The results of sensitivity and resistance to rifampin were concordant with susceptibility testing using the multiple proportions method (kappa=1, p<0.0001). Conclusions: The Xpert MTB/RIF test overall performance was similar to the one achieved under ideal conditions. Its performance in ZN-negative samples was better under "real" conditions of work in a low-income country.

RESUMEN

Introducción. La prueba Xpert MTB/RIF detecta el ADN del complejo Mycobacterium tuberculosis y la sensibilidad a rifampicina. La prueba ha sido evaluada en condiciones "ideales" que incluyen la centrifugación de esputo y el lavado broncoalveolar, la tinción de Ziehl Neelsen (ZN) y de auramina-rodamina y los métodos de cultivo sólido y de cultivo líquido automatizado. Los resultados de tales evaluaciones no pueden extrapolarse a países de bajos ingresos que no utilizan habitualmente todos estos procesos. Objetivo. Evaluar el rendimiento de la prueba Xpert MTB/RIF en muestras respiratorias bajo condiciones "reales" de trabajo y su correlación con las pruebas fenotípicas de sensibilidad. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio transversal para evaluar el rendimiento de la prueba Xpert MTB/RIF en pacientes =12 años con sospecha de tuberculosis pulmonar. En el procesamiento rutinario de muestras en el Hospital del estudio no se usa la centrifugación del esputo, la tinción con auramina-rodamina ni el cultivo líquido automatizado. Resultados. Se incluyeron 152 pacientes, de los cuales 108 eran elegibles y 103 se incluyeron en el análisis. El 34 % de las muestras fueron positivas; la sensibilidad de la prueba fue de 91 %, la especificidad de 92 %, el valor diagnóstico positivo de 83 % y el valor diagnóstico negativo global de 96 %. En las muestras negativas con Ziehl Neelsen, la sensibilidad fue de 87 %, la especificidad de 91 % y los valores diagnósticos positivo y negativo alcanzaron 68 y 97 %, respectivamente. Los resultados de sensibilidad o resistencia a la rifampicina concordaron con los de la prueba fenotípica de sensibilidad (valor de kappa=1, p<0,0001). Conclusiones. El rendimiento global de la prueba fue similar al obtenido bajo condiciones "ideales". En las muestras negativas con Ziehl Neelsen se obtuvo un mejor rendimiento en las condiciones "reales" de trabajo de un país de bajos ingresos.