Análise filogenética dos genes que codificam para proteínas estruturais e não estruturais de rotavírus a detectados na região norte do Brasil, antes e após a introdução da vacina Rotarix® / Phylogenetic analysis of the genes coding for structural and non-structural proteins of rotavirus detected in northern Brazil, before and after the introduction of Rotarix vaccine

RESUMO

Os rotavírus da espécie A (RVA) são os principais responsáveis pela gastroenterite aguda (GA) em diversas espécies animais. Em humanos, as crianças menores ou com 5 anos de idade são as mais afetadas. Cerca de 453.000 mortes infantis são causadas pela infecção por RVA, anualmente. Devido a este impacto na saúde pública algumas medidas de controle e prevenção foram estabelecidas: no Brasil, em março de 2006 foi introduzida uma vacina monovalente (G1P[8]) atenuada contra RVA, denominada Rotarix. Segundo a Organização Mundial da Saúde, é necessário uma extensa e contínua monitorização dos genótipos circulantes de RVA, além de estudos de vigilância para que se possa avaliar os impactos da vacina, sua eficácia e o surgimento de novas variantes virais que possivelmente possam escapar do processo de imunização. Para uma melhor caracterização e entedimento da diversidade genética dos RVA, foi proposto um novo sistema de classificação baseada na análise dos 11 segmentos gênicos, no qual os genótipos de cada um dos segmentos devem ser caracterizados. Esta abordagem está fornecendo dados para apoiar a existência de três genogrupos dominantes entre humanos: Wa-like(I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1), DS1-like (G2-P[4]- I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2) e AU1-like ((G3-P[9]-I3-R3-C3-M3-A3-N3-T3-E3-H3), sendo este último menor e compartilhado por estirpes de origem felina/canina. [...] No presente estudo foram selecionadas 40 espécimes fecais entre 1994-2012 de crianças hospitalizadas devido a GA causada por RVA G1, G2, G3, G4, G9 e G12, na região Norte do Brasil. A principal finalidade do estudo foi avaliar a diversidade genética dos RVA circulantes antes e depois da introdução da vacina Rotarix. Para tal, os genes de RVA foram amplificados, sequenciados e analisados por reconstrução filogenética...

ABSTRACT

Specie A Rotaviruses (RVA) are responsible for acute gastroenteritis (GA) in many animal species. Inhumans, children under five years old are the most affected. Each year, about 453,000 infant deathsare caused by RV infections. Due to this public health impact, prevention and control measures wereestablished: in March 2006, the Brazilian Health Ministry made available an monovalent attenuatedvaccine, called Rotarix. According to World Health Organization, extensive and continuousmonitoring of RVA strains and surveillance studies are necessary to evaluate the impact and efficacyvaccine and to investigate appearance of new viral variants that could possibly escape theimmunization procedure. For a better characterization and understanding of the RVA genetic diversity,proposed a new classification system encompassing all 11 RVA gene segments. This approach hasfacilitated the exponential growth of complete RVA genome data during recent years. On the basis ofcomplete RVA genome sequence comparisons, two major genotype constellations (genogroups): I1-R1-C1-M1- A1-N1-T1-E1-H1 (Wa-like) and I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2 (DS1-like), have beenshown to circulate worldwide among humans. A third (minor) human genotype constellation, referredto as AU1-like (I3-R3-C3-M3-A3-N3-T3-E3-H3). [...] In the current study, a total of 40 fecal specimens were selected between1994 and 2011 from children hospitalized due to acute diarrhea caused by RVA G1, G2, G3, G4, G9and G12 in Northern Brazil region, aiming to evaluate the RVA genetic diversity in the pre-vaccineperiod and post-vaccine. For this, the RVA genes were amplified, the amplicons were sequenced andanalyzed for phylogenetic reconstruction. Based this analysis were identified three subgenotypealleles for each gene, allowing evidence conserved genotypic constellations, though related to threedistinct genogroups: Wa-like, DS1-like e AU-like...