Caracterização molecular e prevalência do HIV-1 do subsubtipo F1 e formas recombinantes BF1 no Rio de Janeiro / Molecular characterization and prevalence of sub-F1 subtype of HIV-1 and recombinant forms BF1 in Rio De Janeiro

RESUMO

O Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) tem extrema variabilidade genética resultante das altas taxas de mutação e recombinação, acarretados pela falta de atividade de revisão da transcriptase reversa,associado à alta taxa de replicação viral. [...] Estudos baseados na região do envelope viral detectam uma maior prevalência de subsubtipo F1 e menor de recombinantes BF1, já estudos com a região PR/RT encontram maior prevalência de BF1 e menor de F1. Assim, o presente estudo teve como objetivo reavaliar a caracterização molecular de um conjunto de amostras previamente classificadas como subsubtipo F1 apenas com a análise da região C2-V3 do envelope viral. Para tal, foram caracterizadas cinco regiões do genoma do HIV, incluindo as mais recombinogênicas, com a finalidade de estimar a prevalência real do subsubtipo F1, de realizar a dispersão temporal das amostras reclassificadas como subsubtipo F1 e recombinantes, e ainda compreender a complexidade dos perfis de recombinação. De um total de 635 amostras de HIV-1 positivas coletadas e previamente caracterizadas entre 1998-2013, 74 foram classificados como F1 na região C2-V3 env. Dessas, 56 possuíam amostras biológicas disponíveis e foram incluídas neste estudo. As amostras de DNA foram extraídas, amplificadas e sequenciadas nas regiões gag, PR / RT, INT, env e nef. As sequências foram alinhadas com amostras de referência do grupo M do HIV-1 pelo ClustalW...

ABSTRACT

Human Immunodeficiency vírus (HIV) has extreme genetic variability resulting from high mutation andrecombination rates, entailed by the lack of revision of reverse transcriptase activity associated with thehigh rate of viral replication. [...] Studies based on the viral envelope region detect higher prevalence of sub-subtype F1 and minor ofBF1recombinants, on the other hand studies on PR/RT region depicted higher prevalence of BF1 andminor of F1. Thus, this study aimed to review the molecular characterization of a set of samplespreviously classified as sub-subtype F1 only based in the analysis of the C2-V3 region of viral envelop.For this purpose, five regions were characterized genome of HIV, including the more recombinogenicones, in order to estimate the real prevalence F1 sub-subtype, to perform the temporal dispersion ofsamples reclassified as sub-subtype F1 and recombinants, and still understand the complexity ofrecombination profiles. From a total of 635 HIV-1 positive samples collected and previouslycharacterized between 1998-2013, 74 were classified as F1 based on C2-V3 env region. Of those, 56possessed available biological samples and were included in this study. The DNA samples wereextracted, amplified and sequenced regions in gag, PR / RT, INT, env and nef. The sequences werealigned with reference samples from HIV-1 group M by ClustalW...