Comparação de seis métodos de extração de DNA genômico de Giardia duodenalis / Comparison of six methods for genomic DNA extraction from Giardia duodenalis CYSTS

RESUMO

Introdução: Giardia duodenalis é um parasito gastrintestinal que infecta o homem e uma variedade de animais domésticos e silvestres. A G. duodenalis em amostras de origem fecal humana pertence a dois principais grupos genéticos, as assemblages A e B, também encontradas em animais. Amostras fecais foram analisadas e a extração e purificação do DNA foram realizadas para avaliar a eficácia da reação em cadeia da polimerase (PCR) na detecção do gene gdh de cistos de G. duodenalis. Métodos: A obtenção de amostras de DNA adequadas para protocolos de amplificação genotípicas foi feita por meio da PCR, comparando seis métodos de extração de DNA de cistos de G. duodenalis em amostras purificadas e não purificadas. Foram realizados os métodos QIAmp DNA Stool Mini Kit, processo de congelamento e descongelamento, ultrassom, uso de glass beads, desnaturação com formamida e o método convencional (fenol/clorofórmio). Resultados: Os métodos com ultrassom e uso de glass beads foram mais efetivos na extração do DNA. Não houve diferença entre o uso de amostras purificadas e não purificados para extração de DNA do protozoário. Conclusão: Verificou-se que tanto amostras purificadas como não purificadas podem ser usadas para extração de DNA de G. Duodenalis. Embora vários métodos de extração de DNA sejam preconizados na literatura, no presente estudo o uso de ultrassom e glass beads foram mais eficazes.

ABSTRACT

Introduction: Giardia duodenalis is a gastrointestinal parasite that infects human beings and a wide range of domestic and wild animal species. In humans, G.duodenalis samples belong to two major genetic groups, assemblages A and B, also found in animals. Human fecal samples have been approved to analyze the effects of DNA purification and extraction to assess the effectiveness of Polymerase Chain Reaction (PCR) in detecting the gene gdh from G. duodenalis cysts. Methods: Suitable DNA samples for genotypic amplification protocols were obtained by means of PCR, comparing six methods for DNA extraction from G. duodenalis cysts in purified and unpurified samples: QIAmp DNA Stool Mini kit, freeze-thaw procedure, sonication glass bead disruption, formamide denaturation, and conventional method (phenol/chloroform). Results: The methods of sonication and the use of glass beads were more effective in extracting DNA. There was no difference between the use of purified and unpurified samples for protozoan DNA extraction. Conclusions: In the present study we verified that both purified and unpurified samples can be used to G. duodenalis DNA extraction.Though various DNA extraction methods are recommended in the literature, the use of sonicator and glass beads were more effective in this study.