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Parsing regulatory DNA: general tasks, techniques, and the PhyloGibbs approach.
J Biosci ; 2007 Aug; 32(5): 863-70
Artigo em Inglês | IMSEAR | ID: sea-110816
ABSTRACT
In this review, we discuss the general problem of understanding transcriptional regulation from DNA sequence and prior information. The main tasks we discuss are predicting local regions of DNA, cis-regulatory modules (CRMs) that contain binding sites for transcription factors (TFs), and predicting individual binding sites. We review various existing methods, and then describe the approach taken by PhyloGibbs, a recent motif-finding algorithm that we developed to predict TF binding sites, and PhyloGibbs-MP, an extension to PhyloGibbs that tackles other tasks in regulatory genomics, particularly prediction of CRMs.
Assuntos
Texto completo: DisponíveL Índice: IMSEAR (Sudeste Asiático) Assunto principal: Software / Humanos / DNA / Dados de Sequência Molecular / Sequência de Bases / Sequências Reguladoras de Ácido Nucleico / Análise de Sequência de DNA / Biologia Computacional / Elementos Reguladores de Transcrição / Animais Tipo de estudo: Estudo prognóstico Idioma: Inglês Revista: J Biosci Ano de publicação: 2007 Tipo de documento: Artigo

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