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Comparison of allele-specific PCR, created restriction-site PCR, and PCR with primer-introduced restriction analysis methods used for screening complex vertebral malformation carriers in Holstein cattle
Journal of Veterinary Science ; : 465-470, 2017.
Artigo em Inglês | WPRIM | ID: wpr-16838
ABSTRACT
Complex vertebral malformation (CVM) is an inherited, autosomal recessive disorder of Holstein cattle. The aim of this study was to compare sensitivity, specificity, positive and negative predictive values, accuracy, and rapidity of allele-specific polymerase chain reaction (AS-PCR), created restriction-site PCR (CRS-PCR), and PCR with primer-introduced restriction analysis (PCR-PIRA), three methods used in identification of CVM carriers in a Holstein cattle population. In order to screen for the G>T mutation in the solute carrier family 35 member A3 (SLC35A3) gene, DNA sequencing as the gold standard method was used. The prevalence of carriers and the mutant allele frequency were 3.2% and 0.016, respectively, among Holstein cattle in the Thrace region of Turkey. Among the three methods, the fastest but least accurate was AS-PCR. Although the rapidity of CRS-PCR and PCR-PIRA were nearly equal, the accuracy of PCR-PIRA was higher than that of CRS-PCR. Therefore, among the three methods, PCR-PIRA appears to be the most efficacious for screening of mutant alleles when identifying CVM carriers in a Holstein cattle population.
Assuntos

Texto completo: DisponíveL Índice: WPRIM (Pacífico Ocidental) Assunto principal: Turquia / Programas de Rastreamento / Reação em Cadeia da Polimerase / Prevalência / Sensibilidade e Especificidade / Análise de Sequência de DNA / Alelos / Frequência do Gene / Métodos Tipo de estudo: Estudo diagnóstico / Estudo de prevalência / Estudo de rastreamento Limite: Animais / Humanos País/Região como assunto: Ásia Idioma: Inglês Revista: Journal of Veterinary Science Ano de publicação: 2017 Tipo de documento: Artigo

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