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Evaluation of Advanced Structure-Based Virtual Screening Methods for Computer-Aided Drug Discovery
Genomics & Informatics ; : 24-29, 2007.
Artigo em Inglês | WPRIM | ID: wpr-212932
ABSTRACT
Computational virtual screening has become an essential platform of drug discovery for the efficient identification of active candidates. Moleculardocking, a key technology of receptor-centric virtual screening, is commonly used to predict the binding affinities of chemical compounds on target receptors. Despite the advancement and extensive application of these methods, substantial improvement is still required to increase their accuracy and time-efficiency. Here, we evaluate several advanced structure-based virtual screening approaches for elucidating the rank-order activity of chemical libraries, and the quantitative structureactivity relationship (QSAR). Our results show that the ensemble-average free energy estimation, including implicit solvation energy terms, significantly improves the hit enrichment of the virtual screening. We also demonstrate that the assignment of quantum mechanical-polarized (QM-polarized) partial charges to docked ligands contributes to the reproduction of the crystal pose of ligands in the docking and scoring procedure.
Assuntos

Texto completo: DisponíveL Índice: WPRIM (Pacífico Ocidental) Assunto principal: Reprodução / Programas de Rastreamento / Relação Quantitativa Estrutura-Atividade / Bibliotecas de Moléculas Pequenas / Descoberta de Drogas / Ligantes Tipo de estudo: Estudo diagnóstico / Estudo prognóstico / Estudo de rastreamento Idioma: Inglês Revista: Genomics & Informatics Ano de publicação: 2007 Tipo de documento: Artigo

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