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A new SVRDF 3D-descriptor of amino acids and its application to peptide quantitative structure activity relationship / 药学学报
Acta Pharmaceutica Sinica ; (12): 40-46, 2007.
Artigo em Chinês | WPRIM | ID: wpr-281929
ABSTRACT
To establish a new amino acid structure descriptor that can be applied to polypeptide quantitative structure activity relationship (QSAR) studies, a new descriptor, SVRDF, was derived from a principal components analysis of a matrix of 150 radial distribution function index of amino acids. The scale was then applied in three panels of peptide QSAR that were molded by partial least squares regression. The obtained models with the correlation coefficients (R2(cum)), cross-validation correlation coefficients (Q2(cum)) were 0.766 and 0.724 for 48 bitter tasting dipeptides; 0.941 and 0.811 for 21 oxytocin analogues; 0.996 and 0.919 for 20 thromboplastin inhibitors. Satisfactory results showed that information related to biological activity can be systemically expressed by SVRDF scales, which may be an useful structural expression methodology for the study of peptides QSAR.
Assuntos
Texto completo: DisponíveL Índice: WPRIM (Pacífico Ocidental) Assunto principal: Peptídeos / Farmacologia / Tromboplastina / Ocitocina / Análise dos Mínimos Quadrados / Química / Sequência de Aminoácidos / Relação Quantitativa Estrutura-Atividade / Análise de Componente Principal / Dipeptídeos Tipo de estudo: Estudo prognóstico Idioma: Chinês Revista: Acta Pharmaceutica Sinica Ano de publicação: 2007 Tipo de documento: Artigo

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