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Fumitake Saito; Keiko Mitamura; Masao Hagihara; Junichi Ochi; Tomoyuki Uchida; Rie Baba; Daisuke Arai; Takayuki Ogura; Hidenori Takahashi; Shigehiro Hagiwara; Genta Nagao; Shunichiro Konishi; Ichiro Nakachi; Koji Murakami; Mitsuhiro Yamada; Hisatoshi Sugiura; Hirohito Sano; Shuichiro Matsumoto; Nozomu Kimura; Yoshinao Ono; Hiroaki Baba; Yusuke Suzuki; Sohei Nakayama; Keita Masuzawa; Shinichi Namba; Ken Suzuki; Nobuyuki Hizawa; Takayuki Shiroyama; Satoru Miyawaki; Yusuke Kawamura; Akiyoshi Nakayama; Hirotaka Matsuo; Yuichi Maeda; Takuro Nii; Yoshimi Noda; Takayuki Niitsu; Yuichi Adachi; Takatoshi Enomoto; Saori Amiya; Reina Hara; Toshihiro Kishikawa; Shuhei Yamada; Shuhei Kawabata; Noriyuki Kijima; Masatoshi Takagaki; Noa Sasa; Yuya Ueno; Motoyuki Suzuki; Norihiko Takemoto; Hirotaka Eguchi; Takahito Fukusumi; Takao Imai; Munehisa Fukushima; Haruhiko Kishima; Hidenori Inohara; Kazunori Tomono; Kazuto Kato; Meiko Takahashi; Fumihiko Matsuda; Haruhiko Hirata; Yoshito Takeda; Hidefumi Koh; 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Makoto Ishii; Ryuji Koike; Yuko Kitagawa; Akinori Kimura; Seiya Imoto; Satoru Miyano; Seishi Ogawa; Takanori Kanai; Yukinori Okada.
Preprint in English | medRxiv | ID: ppmedrxiv-21256513

ABSTRACT

To elucidate the host genetic loci affecting severity of SARS-CoV-2 infection, or Coronavirus disease 2019 (COVID-19), is an emerging issue in the face of the current devastating pandemic. Here, we report a genome-wide association study (GWAS) of COVID-19 in a Japanese population led by the Japan COVID-19 Task Force, as one of the initial discovery GWAS studies performed on a non-European population. Enrolling a total of 2,393 cases and 3,289 controls, we not only replicated previously reported COVID-19 risk variants (e.g., LZTFL1, FOXP4, ABO, and IFNAR2), but also found a variant on 5q35 (rs60200309-A at DOCK2) that was associated with severe COVID-19 in younger (<65 years of age) patients with a genome-wide significant p-value of 1.2 x 10-8 (odds ratio = 2.01, 95% confidence interval = 1.58-2.55). This risk allele was prevalent in East Asians, including Japanese (minor allele frequency [MAF] = 0.097), but rarely found in Europeans. Cross-population Mendelian randomization analysis made a causal inference of a number of complex human traits on COVID-19. In particular, obesity had a significant impact on severe COVID-19. The presence of the population-specific risk allele underscores the need of non-European studies of COVID-19 host genetics.

2.
医学検査 ; 69(4):554-561, 2020.
Article in Japanese | J-STAGE | ID: covidwho-903058

ABSTRACT

金 貞姫 1) 菊地 良介 1) 鈴木 敦夫 1) 度會 理佳 1) 横山 覚 1) 森瀬 昌宏 2) 八木 哲也 3) 松下 正 4) 1) 名古屋大学医学部附属病院医療技術部臨床検査部門(〒 466-8560 愛知県名古屋市昭和区鶴舞町 65) 2) 名古屋大学大学院医学系研究科呼吸器内科学講座 3) 名古屋大学大学院医学系研究科臨床感染統御学 4) 名古屋大学医学部附属病院検査部・輸血部 要 旨 新型コロナウイルス感染症に対する抗体検査試薬は,SARS-CoV-2 の nucleocapsid protein(N)あるいは spike protein S1 domain(S)を抗原として用いた 2 種類に大別される。本研究では,抗 SARS-CoV-2 抗体検査について,5 社 7 種類のイムノクロマト法キットと 3 社 4 種類の自動分析装置用試薬による比較検討を行った。対象のイムノクロ マト法キットとして,Kurabo 社,RayBiotech 社,Innovita Biological Technology 社,LumiQuick Diagnostics 社およ び Lepu Medical Technology 社のキットを使用した。自動分析装置用試薬は Abbot 社,Roche Diagnostics 社,Ortho-Clinical Diagnostics 社の測定試薬を用いた。対象試料には,COVID-19 と診断された患者 2 例の検査後残血清を使 用した。その結果,N 蛋白を抗原とした抗 SARS-CoV-2 抗体検査試薬では IgG 抗体は IgM 抗体に比して早期に陽 性を示し,S 蛋白を抗原とした抗 SARS-CoV-2 抗体検査試薬は IgM,IgG 抗体両方が感染早期より検出可能であっ た。以上より,COVID-19 のスクリーニング検査としては S 蛋白を標的とした抗 SARS-CoV-2 抗体検査試薬が有用 である可能性が示唆された。 キーワード 新型コロナ感染症,抗 SARS-CoV-2 抗体,イムノクロマト法,自動分析装置用試薬,血清学 的検査法 I 序 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2 ) 感染症 (COVID-19)は,2019 年 12 月に中国武漢市で最初 に報告されて以降世界各国に拡大し,2020 年 6 月時 点では 213 か国で感染が報告されている。 COVID-19 の確定診断には,咽頭あるいは鼻腔の ぬぐい液や喀痰を試料とし,SARS-CoV-2 のウイル ス RNA を reverse transcription(RT)-polymerase chain reaction(PCR)法などの遺伝子検査により直接証明 することが必要である。しかし,これら試料の採取 には高い感染リスクが伴ううえ,遺伝子検査の実施 には十分な環境整備と熟練した人材の確保が必要で あること,さらに遺伝子検査自体が迅速性に欠ける などの問題がある。したがって,今後の医療体制を 構築する上ではより簡便で安全かつ高い処理能力を 持った代替検査法が必要である。代替検査法の一つ として,血液中の抗 SARS-CoV-2 抗体を検出する血 清学的診断法,いわゆる抗体検査が候補として挙げ られている。抗 SARS-CoV-2 抗体の検出には,迅速 簡易検査法であるイムノクロマト法キットや,自動 分析装置での測定が可能な自動分析装置用試薬が (2020 年 7 月 3 日受付・2020 年 7 月 23 日受理)

3.
医学検査 ; 69(4):546-553, 2020.
Article in Japanese | J-STAGE | ID: covidwho-903057

ABSTRACT

Serological diagnosis of novel coronavirus (SARS-CoV-2) infection (COVID-19) is expected to be used as an adjunct diagnostic method. There are two main types of anti-SARS-CoV-2 antibody reagents that detect antibodies to the spike protein S1 domain (S) and nucleocapsid protein (N) of SARS-CoV-2. In this study, we tested anti-SARS-CoV-2 antibody reagents using S and N antigens in longitudinal samples from patients diagnosed as having COVID-19. EUROIMMUN S-IgA and IgG reagents and VITROS S-total and IgG reagents were used as anti-SARS-CoV-2 antibody reagents tested using the S antigen. ARCHITECT N-reagent and cobas N-reagent were used as anti-SARS-CoV-2 antibody reagents using N antigen. The results showed that IgA antibodies to EUROIMMUN S-IgA reagent were positive from the time of hospitalization (day X). Anti-SARS-CoV-2 antibodies to VITROS S-total reagent were positive from the X + 5th day of hospitalization. IgG antibodies to ARCHITECT N-reagent were positive from the X + 8th day. In this case, the anti-SARS-CoV-2 antibody reagent tested using the S antigen showed positive results from early in the course of the disease. In particular, the anti-SARS-CoV-2 S-IgA antibody was suggested to be potentially useful as an adjunct for the early diagnosis of COVID-19. 鈴木 敦夫 1) 度會 理佳 1) 横山 覚 1) 齋藤 尚二 2) 八木 哲也 3) 松下 正 4) 1) 名古屋大学医学部附属病院医療技術部臨床検査部門(〒 466-8560 愛知県名古屋市昭和区鶴舞町 65) 2) 名古屋大学大学院医学系研究科腎臓内科学講座 3) 名古屋大学大学院医学系研究科臨床感染統御学 4) 名古屋大学医学部附属病院検査部・輸血部 要 旨 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)感染症(COVID-19)の補助診断法として血清学的診断法が期待され ている。抗 SARS-CoV-2 抗体試薬は,SARS-CoV-2 の spike protein S1 domain(S)と nucleocapsid protein(N) に対する抗体を検出する 2 種類に大別される。今回我々は,COVID-19 と診断された症例の経時的試料を 用いて,S と N 抗原を用いた抗 SARS-CoV-2 抗体試薬の検証を行った。S 抗原を用いた抗 SARS-CoV-2 抗 体試薬は,EUROIMMUN S-IgA,IgG 試薬と VITROS S-total,IgG 試薬を使用した。N 抗原を用いた抗 SARS-CoV-2 抗体試薬は,ARCHITECT N-試薬と cobas N-試薬を使用した。その結果,来院時点(第 X 病日)か ら EUROIMMUN S-IgA 試薬による IgA 抗体は陽性であった。第 X + 5 病日より VITROS S-total 試薬による 抗 SARS-CoV-2 抗体は陽性となり,第 X + 8 病日より ARCHITECT N-試薬による IgG 抗体は陽性であった。 本症例において,S 抗原を用いた抗 SARS-CoV-2 抗体試薬は早期より抗 SARS-CoV-2 抗体が陽転化した。 特に,抗 SARS-CoV-2 S-IgA 抗体は COVID-19 の早期補助診断に有用な可能性が示唆された。 キーワード 新型コロナウイルス,新型コロナウイルス感染症,スパイク蛋白 S1 サブユニット,ヌクレ オカプシド蛋白,血清学的診断法 I 序 2019 年 12 月に中国武漢市で発生したとされる新 型コロナウイルス (SARS-CoV-2) 感染症 (COVID-19) の確定診断には,鼻咽頭ぬぐい液や喀痰等を試料と した遺伝子検査により SARS-CoV-2 の存在を直接証 明することが必要である。しかし,これら試料の採 取には高い感染リスクが伴ううえ,遺伝子検査を実 施する上での環境整備や熟練度の高い人材の確保な ど,検査体制を構築するためにいくつかのハードル が存在する 1) 。さらに,検体搬送等の検査前プロセ スが遺伝子検査の結果に影響を及ぼすことが指摘さ れている 2) 。そのため,簡便な,かつ精度の高いス クリーニング検査の結果を踏まえた遺伝子検査によ る確定診断の流れが必要である。 現在,スクリーニング検査の一つとして,血液中 の抗 SARS-CoV-2 抗体を検出する血清学的診断法 (抗体検査)が注目されている。抗体検査の中で,イ ムノクロマト法による簡易的な抗 SARS-CoV-2 抗体 検出法は,特別な装置を必要とせず,外来やベット サイドで迅速かつ簡便に検査することが可能であり, 診療所をはじめ医療機関への導入が期待されている。 (2020 年 7 月 3 日受付・2020 年 7 月 23 日受理)

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