Your browser doesn't support javascript.
Development and validation of RT-PCR assays for testing for SARS-CoV-2.
Pabbaraju, Kanti; Wong, Anita A; Douesnard, Mark; Ma, Raymond; Gill, Kara; Dieu, Paul; Fonseca, Kevin; Zelyas, Nathan; Tipples, Graham A.
  • Pabbaraju K; Alberta Precision Laboratories, Public Health Laboratory, Calgary, Alberta, Canada.
  • Wong AA; Alberta Precision Laboratories, Public Health Laboratory, Calgary, Alberta, Canada.
  • Douesnard M; Alberta Precision Laboratories, Public Health Laboratory, Calgary, Alberta, Canada.
  • Ma R; Alberta Precision Laboratories, Public Health Laboratory, Calgary, Alberta, Canada.
  • Gill K; Alberta Precision Laboratories, Public Health Laboratory, Calgary, Alberta, Canada.
  • Dieu P; Alberta Precision Laboratories, Public Health Laboratory, Calgary, Alberta, Canada.
  • Fonseca K; Alberta Precision Laboratories, Public Health Laboratory, Calgary, Alberta, Canada.
  • Zelyas N; Department of Microbiology, Immunology and Infectious Diseases, University of Calgary, Calgary, Alberta, Canada.
  • Tipples GA; Alberta Precision Laboratories, Public Health Laboratory, Edmonton, Alberta, Canada.
J Assoc Med Microbiol Infect Dis Can ; 6(1): 16-22, 2021 Mar.
Article in English | MEDLINE | ID: covidwho-1234644
ABSTRACT

Background:

The recent emergence and rapid global spread of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) demonstrates the urgent need for laboratory-developed assays for clinical diagnosis and public health interventions in the absence of commercial assays.

Methods:

We outline the progression of reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) assays that were developed and validated at the Alberta Precision Laboratories, Public Health Laboratory, Alberta, Canada, to respond to this pandemic. Initially, testing was performed using SARS-CoV-2-specific and pan-coronavirus gel-based assays that were soon superseded by real-time RT-PCR assays targeting the envelope and RNA-dependent RNA polymerase genes to accommodate the high anticipated volumes of samples. Throughput was further enhanced by multiplexing the different targets together with the co-detection of an internal extraction control.

Results:

These assays are comparable in sensitivity and specificity to the assays recommended by the World Health Organization and the US Centers for Disease Control and Prevention.

Conclusions:

The availability of real-time RT-PCR assays early in the pandemic was essential to provide valuable time to local health authorities to contain transmission and prepare for appropriate response strategies.
Historique La récente émergence et la propagation mondiale rapide du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) a démontré l'urgence de créer des dosages en laboratoire pour poser un diagnostic clinique et adopter des interventions sanitaires en l'absence de dosages commerciaux. Méthodologie Les chercheurs exposent la progression des dosages d'amplification en chaîne par polymérase couplée à la transcriptase inverse (RT-PCR) mis au point et validés par les Alberta Precision Laboratories du Laboratoire de santé publique de l'Alberta, au Canada, pour répondre à cette pandémie. Les tests ont d'abord été effectués au moyen de dosages sur gel spécifiques au SARS-CoV-2 ou décelant tous les coronavirus, mais ont vite été remplacés par des dosages RT-PCR en temps réel ciblant l'enveloppe et les gènes d'ARN polymérase sous la dépendance d'ARN pour répondre au fort volume anticipé d'échantillons. Le criblage a également été renforcé par le multiplexage conjoint des différentes cibles et la codétection d'un contrôle d'extraction interne. Résultats Ces dosages ont une sensibilité et une spécificité comparables à ceux recommandés par l'Organisation mondiale de la Santé et les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis.

Conclusions:

Il était essentiel de disposer de dosages RT-PCR au début de la pandémie pour que les autorités sanitaires locales puissent profiter de temps précieux pour contenir la transmission et préparer les stratégies de réponse appropriées.
Keywords

Full text: Available Collection: International databases Database: MEDLINE Type of study: Diagnostic study / Prognostic study Language: English Journal: J Assoc Med Microbiol Infect Dis Can Year: 2021 Document Type: Article Affiliation country: Jammi-2020-0026

Similar

MEDLINE

...
LILACS

LIS


Full text: Available Collection: International databases Database: MEDLINE Type of study: Diagnostic study / Prognostic study Language: English Journal: J Assoc Med Microbiol Infect Dis Can Year: 2021 Document Type: Article Affiliation country: Jammi-2020-0026