Challenges and experiences of the SARS-CoV-2 pandemic in molecular diagnostics / A SARS-CoV-2-járvány kihívásai és tapasztalatai a molekuláris diagnosztikában

ABSTRACT

Összefoglaló. Bár a SARS-CoV-2-pandémia próbára tette a diagnosztikus kapacitásokat, számos hasznos tapasztalattal is szolgált, melyek alacsonyabb mintaszám mellett nem lettek volna levonhatók. Míg korábban a PCR-vizsgálatok jellemzoen diagnosztikus, illetve kvantitatív követési célokat szolgáltak, a járvány során többségbe kerültek a szuro- és (kezdetben) a felszabadító vizsgálatok. Jól követheto volt, hogy a tesztek piacra juttatásának eroltetett üteme sokszor nem tette lehetové a teljesen kiforrott koncepciók létrehozását. Tekintettel arra, hogy a molekuláris diagnosztika során nem teljes vírusgenomokat, hanem célszakaszokat mutatunk ki, amelyek aránya a fertozés egyes szakaszaiban nem feltétlenül állandó, egyre valószínubb, hogy nem azonos célgének a legmegfelelobbek diagnosztikus, szuro- és felszabadító vizsgálatokhoz. A nagy mennyiségu, aspecifikusan végzett vizsgálat még kiváló fajlagosság mellett is a pozitív prediktív érték csökkenéséhez vezethet, amennyiben a fertozés tényleges prevalenciája a vizsgálati csoportban alacsony. Munkánkban megkíséreljük irodalmi és saját adatok felhasználásával összefoglalni az elmúlt két év fontosabb diagnosztikus tapasztalatait a teljesség igénye nélkül. Orv Hetil. 2021; 162(52) 2071-2078. Summary. Although the SARS-CoV-2 pandemic has been a great challenge for the diagnostic capacities, it also proved to be a unique source of experience. While previously PCR tests had overwhelmingly been used for targeted diagnostic and quantitative follow-up testing, screening and (initially) release tests became far more prevalent during the pandemic. It was well to be seen that the forced pace of bringing tests to market often gave way to not fully mature concepts. The PCR method is based on the detection of sequences, the proportions of which are likely to alter throughout the course of the disease. It is becoming increasingly clear that different target genes might be the best suitable for diagnostic, screening and release testing. Even with specific assays, an unprecedentedly high number of tests might result in the inflation of the positive predictive value, when the true prevalence of the infection remains very low among the tested individuals. Here we try to summarize some of the potentially most relevant diagnostic conclusions of the pandemic so far according to our own data and the literature. Orv Hetil. 2021; 162(52) 2071-2078.