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Impact of SARS-CoV-2 Gamma lineage introduction and COVID-19 vaccination on the epidemiological landscape of a Brazilian city.
Banho, Cecília Artico; Sacchetto, Lívia; Campos, Guilherme Rodrigues Fernandes; Bittar, Cíntia; Possebon, Fábio Sossai; Ullmann, Leila Sabrina; Marques, Beatriz de Carvalho; da Silva, Gislaine Ceslestino Dutra; Moraes, Marília Mazzi; Parra, Maisa Carla Pereira; Negri, Andreia Francesli; Boldrin, Ana Carolina; Barcelos, Michela Dias; Dos Santos, Thayza M I L; Milhim, Bruno H G A; Rocha, Leonardo Cecílio; Dourado, Fernanda Simões; Dos Santos, Andresa Lopes; Ciconi, Victoria Bernardi; Patuto, Caio; Versiani, Alice Freitas; da Silva, Rafael Alves; de Oliveira Lobl, Edoardo Estevam; Hernandes, Victor Miranda; Zini, Nathalia; Pacca, Carolina Colombelli; Estofolete, Cássia Fernanda; Ferreira, Helena Lage; Rahal, Paula; Araújo, João Pessoa; Cohen, Jamie A; Kerr, Cliff C; Althouse, Benjamin M; Vasilakis, Nikos; Nogueira, Mauricio Lacerda.
  • Banho CA; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Sacchetto L; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Campos GRF; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Bittar C; Laboratório de Estudos Genômicos, Departamento de Biologia, Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas, Universidade Estadual Paulista, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Possebon FS; Instituto de Biotecnologia, Universidade Estadual Paulista, Botucatu, São Paulo Brazil.
  • Ullmann LS; Instituto de Biotecnologia, Universidade Estadual Paulista, Botucatu, São Paulo Brazil.
  • Marques BC; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • da Silva GCD; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Moraes MM; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Parra MCP; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Negri AF; Departamento de Vigilância Epidemiológica, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Boldrin AC; Departamento de Vigilância Epidemiológica, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Barcelos MD; Departamento de Vigilância Epidemiológica, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Dos Santos TMIL; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Milhim BHGA; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Rocha LC; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Dourado FS; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Dos Santos AL; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Ciconi VB; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Patuto C; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Versiani AF; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • da Silva RA; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • de Oliveira Lobl EE; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Hernandes VM; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Zini N; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Pacca CC; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Estofolete CF; Faculdade Ceres (FACERES), São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Ferreira HL; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Rahal P; Laboratório de Medicina Veterinária Preventiva Aplicada, Departamento de Medicina Veterinária, Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos, Universidade de São Paulo, São Paulo, São Paulo Brazil.
  • Araújo JP; Laboratório de Estudos Genômicos, Departamento de Biologia, Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas, Universidade Estadual Paulista, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.
  • Cohen JA; Instituto de Biotecnologia, Universidade Estadual Paulista, Botucatu, São Paulo Brazil.
  • Kerr CC; Institute for Disease Modeling, Global Health Division, Bill & Melinda Gates Foundation, Seattle, WA USA.
  • Althouse BM; Institute for Disease Modeling, Global Health Division, Bill & Melinda Gates Foundation, Seattle, WA USA.
  • Vasilakis N; Institute for Disease Modeling, Global Health Division, Bill & Melinda Gates Foundation, Seattle, WA USA.
  • Nogueira ML; University of Washington, Seattle, WA USA.
Commun Med (Lond) ; 2: 41, 2022.
Article in English | MEDLINE | ID: covidwho-1860436
ABSTRACT

Background:

The emergence of the Brazilian variant of concern, Gamma lineage (P.1), impacted the epidemiological profile of COVID-19 cases due to its higher transmissibility rate and immune evasion ability.

Methods:

We sequenced 305 SARS-CoV-2 whole-genomes and performed phylogenetic analyses to identify introduction events and the circulating lineages. Additionally, we use epidemiological data of COVID-19 cases, severe cases, and deaths to measure the impact of vaccination coverage and mortality risk.

Results:

Here we show that Gamma introduction in São José do Rio Preto, São Paulo, Brazil, was followed by the displacement of seven circulating SARS-CoV-2 variants and a rapid increase in prevalence two months after its first detection in January 2021. Moreover, Gamma variant is associated with increased mortality risk and severity of COVID-19 cases in younger age groups, which corresponds to the unvaccinated population at the time.

Conclusions:

Our findings highlight the beneficial effects of vaccination indicated by a pronounced reduction of severe cases and deaths in immunized individuals, reinforcing the need for rapid and massive vaccination.
Keywords

Full text: Available Collection: International databases Database: MEDLINE Type of study: Prognostic study / Randomized controlled trials / Risk factors Topics: Vaccines / Variants Country/Region as subject: South America / Brazil Language: English Journal: Commun Med (Lond) Year: 2022 Document Type: Article

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Full text: Available Collection: International databases Database: MEDLINE Type of study: Prognostic study / Randomized controlled trials / Risk factors Topics: Vaccines / Variants Country/Region as subject: South America / Brazil Language: English Journal: Commun Med (Lond) Year: 2022 Document Type: Article